神秘島第一章主要內容是1862年美國南北戰爭期間，工程師賽勒斯·史密斯及其愛犬託普，黑人納布加尼察、新聞記者吉丁·史佩萊，水手潘克洛夫和少年赫伯特，乘坐氫氣球逃離被圍困的里士滿。五天後，除史密斯和託普掉到海里外，其他人被吹到太平洋一個荒島上

　　故事敘述在美國南北戰爭時期，有五個被困在南軍中的北方人，其中一個還是個孩子，趁著一個機會用氣球逃脫了。他們中途被風暴吹落在太平洋中的一個荒島上，但是他們並沒有絕望，而是團結互助，運用大家的智慧和辛勤勞動，從赤手空拳一直到製造出陶器、玻璃、風磨、電報機等等，從而建立起富裕幸福的生活。　　他們在一次意外中馴化了一隻黑猩猩於普（Jup，又譯傑普、朱普），還挽救了在附近另一孤島獨居了十二年而失去理智的罪犯艾爾通（故事見《格蘭特船長的兒女》），使他恢復了人性，成為他們的忠實的伙伴。　　有一次，一群海盜來到了這個島，並發現了他們的存在，最後他們憑借智慧與神秘人的幫助打敗了海盜。　　這幾個遇難者在荒島上度過的歲月裡，每當危難時刻，總有一個神秘人物在援助他們，這個人就是在他們到達之前就已住在島上一個岩洞裡的尼摩船長（《海底兩萬裡》一書中的主人公、潛水船鸚鵡螺號的建造者）。　　這些荒島上的遇難者雖然什麼也不缺，但是他們並沒有放棄返回祖國的努力。最後，在一次火山爆發中，這幾個人都險些喪命，直到格蘭特船長的兒子羅伯特所指揮的“鄧肯號”經過那裡，才將他們搭救。　　回到美國之後，這幾個“島民”又重新開始他們在島上建立的事業。