大壩建設除了改變流域的水循環之外，還會引起很多具體的生態環境變化，甚至誘發多種災害。
（一）可能誘發地震。大型水庫建成蓄水之後，由於巨大的水壓力施加於庫區岩基，加之水壓入巖隙降低了巖石界面的摩檫力，可能導致基礎巖體結構變動誘發地震，有些庫區蓄水後頻繁地發生地震，造成周邊居民恐慌。現在新建大壩越來越高，應當警惕誘發更高級別的地震。
（二）庫區山體滑坡及湧浪。同樣的道理，庫區周邊山體的下部被水庫水體浸泡之後，也會使浸水巖體界面間的摩檫力降低，加之庫區周邊局部降雨頻率增加，產生山體坍塌和滑坡的事故增多。這不僅會破壞山體植被，當滑坡體量巨大時，會產生類似海嘯的巨大湧浪，有的浪高可達十餘米，威脅庫區航船安全，沖毀對岸的村莊，甚至威脅大壩的安全。
（三） 庫區水生態系統演替。水庫建成後，原有河流形態消失，轉變為深水人工湖泊。水體流速減小，水深較大的水庫底層水溫常年較低。原有的河流生態系統很難適應這種變化，大部分河流原生物種消失，逐步演替為外來種為主的湖泊生態系統。其結果是河流有價值的生物多樣性減少，普遍存在的物種增加。
（四）庫區水質變化。流動的水體可以通過水麵向水體賦氧，水中溶解氧含量較高，水體自淨能力高，流水不腐。形成水庫之後，水體長期接近靜止狀態，加上周邊流入水庫的汙染物長期累積，庫區水質不斷惡化，甚至出現富營養化現象，水華增多。這種現象實際也是庫區生態失衡的結果。
（五）庫區水體溫度成層。在冬季水庫表層水溫降低，達到4℃時水體密度最大，沉入庫區底部。春季以後，氣溫不斷升高，表層水體溫度也不斷升高，密度減少，在水體流動較少的條件下往往形成水溫上高下低的溫度分層現象，使底部水溫常年較低。如果電站的進水口及農業取水口位置較低，就會放出低溫水。用於農業灌溉會減產，河道水溫降低還會影響魚類產卵，降低漁獲量。
（六）水庫長期渾濁。進入春季，水溫尚低而氣溫逐漸升高，這時如果流域產生較大的降雨，在水土流失區渾濁的徑流進入庫區，由於地面流入的水溫高於庫區水溫，這些渾濁徑流會懸浮在庫區水麵，長期不能下沉。其後果是渾濁水體遮擋了Sunny，影響水生植物和魚類的生長，也影響庫區景觀和水質。
（七）增加溫室氣體排放。如果水庫蓄水前清庫不徹底，留有大量樹木和生活垃圾，蓄水後在厭氧條件下腐爛，會產生有害的溫室氣體。有的研究報告指出其排放量很大，這一結論還需要進一步觀察和研究。
（八）阻斷河流魚類通道。河流中魚類和蝦蟹等在產卵、覓食和生命的一些階段需要在河流中上下移動，大壩建成後阻斷了水生動物的通道，威脅到他們的生存。現有的魚道和其它過魚設施還不能有效保障魚類等的必要移動，造成某些物種瀕危甚至消失。下游魚類等水生動物的餌料多來自上游，水庫建成後這些餌料很多沉積在水庫裡，使下游魚類因缺少食物而減產。
大壩建設除了改變流域的水循環之外，還會引起很多具體的生態環境變化，甚至誘發多種災害。
（一）可能誘發地震。大型水庫建成蓄水之後，由於巨大的水壓力施加於庫區岩基，加之水壓入巖隙降低了巖石界面的摩檫力，可能導致基礎巖體結構變動誘發地震，有些庫區蓄水後頻繁地發生地震，造成周邊居民恐慌。現在新建大壩越來越高，應當警惕誘發更高級別的地震。
（二）庫區山體滑坡及湧浪。同樣的道理，庫區周邊山體的下部被水庫水體浸泡之後，也會使浸水巖體界面間的摩檫力降低，加之庫區周邊局部降雨頻率增加，產生山體坍塌和滑坡的事故增多。這不僅會破壞山體植被，當滑坡體量巨大時，會產生類似海嘯的巨大湧浪，有的浪高可達十餘米，威脅庫區航船安全，沖毀對岸的村莊，甚至威脅大壩的安全。
（三） 庫區水生態系統演替。水庫建成後，原有河流形態消失，轉變為深水人工湖泊。水體流速減小，水深較大的水庫底層水溫常年較低。原有的河流生態系統很難適應這種變化，大部分河流原生物種消失，逐步演替為外來種為主的湖泊生態系統。其結果是河流有價值的生物多樣性減少，普遍存在的物種增加。
（四）庫區水質變化。流動的水體可以通過水麵向水體賦氧，水中溶解氧含量較高，水體自淨能力高，流水不腐。形成水庫之後，水體長期接近靜止狀態，加上周邊流入水庫的汙染物長期累積，庫區水質不斷惡化，甚至出現富營養化現象，水華增多。這種現象實際也是庫區生態失衡的結果。
（五）庫區水體溫度成層。在冬季水庫表層水溫降低，達到4℃時水體密度最大，沉入庫區底部。春季以後，氣溫不斷升高，表層水體溫度也不斷升高，密度減少，在水體流動較少的條件下往往形成水溫上高下低的溫度分層現象，使底部水溫常年較低。如果電站的進水口及農業取水口位置較低，就會放出低溫水。用於農業灌溉會減產，河道水溫降低還會影響魚類產卵，降低漁獲量。
（六）水庫長期渾濁。進入春季，水溫尚低而氣溫逐漸升高，這時如果流域產生較大的降雨，在水土流失區渾濁的徑流進入庫區，由於地面流入的水溫高於庫區水溫，這些渾濁徑流會懸浮在庫區水麵，長期不能下沉。其後果是渾濁水體遮擋了Sunny，影響水生植物和魚類的生長，也影響庫區景觀和水質。
（七）增加溫室氣體排放。如果水庫蓄水前清庫不徹底，留有大量樹木和生活垃圾，蓄水後在厭氧條件下腐爛，會產生有害的溫室氣體。有的研究報告指出其排放量很大，這一結論還需要進一步觀察和研究。
（八）阻斷河流魚類通道。河流中魚類和蝦蟹等在產卵、覓食和生命的一些階段需要在河流中上下移動，大壩建成後阻斷了水生動物的通道，威脅到他們的生存。現有的魚道和其它過魚設施還不能有效保障魚類等的必要移動，造成某些物種瀕危甚至消失。下游魚類等水生動物的餌料多來自上游，水庫建成後這些餌料很多沉積在水庫裡，使下游魚類因缺少食物而減產。