申請新版通行證需填寫《中國公民出入境證件申請表》，提交符合要求的照片，並按規定提交相關證明材料。內地公安機關出入境管理部門對首次申請電子往來港澳通行證的16週歲以上（含）的申請人，均將採集或核驗指紋，16週歲以下的申請人是否採集指紋根據其監護人的意見確定。

如持證人希望免登記使用港澳地區自助查驗通道通關，還應在申請電子往來港澳通行證時，在申請表背面簽署《免登記使用港澳地區自助查驗通道聲明》（不滿16週歲的由其監護人簽署）。

1、填寫完整的《中國公民出入境證件申請表》一份。登記備案人員須事先按人事管理權限由單位出具意見函並蓋章，負責人要親筆簽名，印章和簽名須與備案數據一致。
2、軍人提交部隊《因私事出國(境)人員審查批件》原件，所在部隊須在《關於同意申辦出入境證件的涵》上出具意見並蓋章，負責人要親筆簽名確認。
部隊院校在讀無軍籍學員還須提交所在院校出具的無軍籍證明。
3、本人近期(6個月內)二寸正面免冠白色背景彩色照片1張(照片要求詳見《出國境證件相片採集標準》，再次簽註無需提供照片)。
4、已滿十六週歲的居民交驗本人居民身份證(或者臨時身份證)原件。