神探狄仁傑第三部講述了唐朝時期大臣狄仁傑屢破奇案的故事。

第三部一共有兩個故事，分別是《黑衣社涼州案》（第1-18集），《漕渠Wraith揚州案》（第19-48集）。

二個故事。

黑衣社 涼州案

武周年間，正值盛世，然邊事頻仍，連年征戰，守邊將士軍心不寧。軍中缺餉，無力維持。

漕渠Wraith 揚州案。

雷鳴電閃，大雨如注。大運河長江通往淮水的邗溝水麵波濤洶湧，白浪濁天。狂風暴雨之中，江淮鹽鐵轉運使的運鹽官船在邗溝覆沒。一年之內，這已是第十五次了，數百運卒喪生，數百萬石食鹽沒於水中。而朝廷派去查察此事的官員均是無功而返，更有甚者，出漕調查的水部郎中李翰竟然在任上自縊身死。由於鹽運受阻，揚州西北各地都已經發生了鹽荒。

涼州刺史曾泰是狄公的門生，他接到了朝廷急報，說是西北馬上要發生大地震，曾泰立即組織防災抗震事宜，及時疏散了城中的百姓。但當地震來臨之時，仍然是房倒屋塌，損失慘重。想到大漠之中押運餉銀的三千鐵甲軍，曾泰憂心如焚。萬一他們出了事，那可是要塌天的。他立即派人前去接應。但當派出的援軍找到這支隊伍時，軍中所有的人都中了邪，圍做幾圈不停地歡歌狂舞，片刻便力竭吐血而死。而他們押運的五百萬兩餉銀也不翼而飛。這驚天的變故令曾泰瞠目結舌戰慄不已。案情發生，曾泰採取緊急措施，一方面封鎖州境，一方面馳報朝廷聽候處置。

狄公及時趕到了，他批評曾泰對黑衣社的漠然不知，併立即對案情作了準確的推斷。一場驚險絕倫的偵查與反偵查，控制與反控制的戰鬥，一場破獲“地獄行動”的精彩戰鬥打響，並層層翻滾推向高潮。最終，真正的黑衣天王現身了，她得意地告訴狄公所謂“地獄行動”的全部設想。這聽起來真有些令人毛骨悚然，也頗有些大難臨頭的味道。然而，狄公卻自信地笑了，他娓娓地講起了故事。

狄公從黑衣社的起源開講，一直講到她們此行的全部細節和態勢，分析得絲絲入扣毫釐不爽。就在這時，外面響起驚天動地的喊殺聲，這是涼州衛鐵騎進城擒殺逆黨的聲音。逆黨們驚呆了。接著，狄公開始講述他層層分析破解這一切的神奇經歷，講到了雙方力量的部署和戰役勝敗的變化，可謂有聲有色，動魄驚心。這時張環、李朗率隊將院子團團圍定，黑衣逆黨們束手成擒。

狄公答應了她們最後的請求——黑衣天王自裁了。她們臨死還抱著來世不渝的奪取甘涼的念頭。狄公無奈地搖了搖頭。

大案結陳，涼州城終於恢復了它往日的繁華。只有被貼了封條的翠紅院，狼藉荒荒，空空蕩蕩。房梁之上，梁柱之間，一隻紅蝙蝠靜靜地臥著。

神探狄仁傑3黑衣社是由黑衣天王王銑建立的，後來滅亡在後代小桃身上。