昌吉衛生學校開設有護理、藥劑、口腔工藝技術等15個專業，設有護理、藥學、三理、解剖、生物與微生物、臨床等13個教研組，建立了解剖、病理、中草藥等標本室和基礎護理、臨床護理、藥劑、臨床檢驗等45個實驗實訓室。

一.昌吉回族自治州衛生學校五年制大專招生專業

汽車應用技術，會計，電子商務，城市軌道交通，學前教育，機電一體化，護理學，藥學，中藥學，健康管理，康復治療技術，口腔醫學技術，動物醫學，空中乘務，建築工程技術，建築裝飾工程技術，藝術設計，市場營銷，行政管理

昌吉學院的專科專業有文秘 、電氣自動化 技術 、數學教育、 工業分析技術、 工商企業管理等 。

昌吉職業技術學院的專業包括：電氣自動化技術、自動化生產設備應用、電子信息工程技術、通信技術、數字媒體應用技術、計算機網絡技術、計算機信息管理、智能控制技術、移動互聯應用技術、建築工程技術、建築經濟管理、工程測量技術、建設工程監理、藥學、醫學檢驗技術、口腔醫學技術、中藥學、老年服務與管理等。

昌吉職業技術學院的特色專業包括：

1、自治區級的特色專業：電氣自動化技術、機電設備維修與管理、電力系統自動化技術、電力系統自動化技術（清潔能源）。

2、自治區首批示範校建設的重點專業包括：機械製造與自動化焊接技術、熱能動力設備與應用。

3、中央財政支持的高等職業院校提昇專業服務能力建設專業：機電一體化技術。

昌吉學院專科英語教育，漢語言文學，數學與應用數學，工業分析技術，地理教育，化學教育，歷史教育，公共事業管理，化學工程與工藝，視覺傳達設計，音樂表演，能源與動力工程，中國少數民族語言文學，數學教育，文秘，學前教育，計算機應用技術，電子信息工程技術，工商企業管理。

2018年6月學校官網顯示，學校設有中文系、中語系、經濟管理系、外語系、數學系、計算機工程系、物理系、化學與應用化學系、體育系、音樂系、美術系、初等教育學院、馬克思主義學院、繼續教育學院、航空學院等15個二級教學單位，共73個本、專科專業（其中40個本科專業，33個專科專業）。

十三個系。中文系（漢語言文學，新聞，文秘，語教），外語，數學，物理，化學，經管（工商管理，公共事業管理等），體育（社會體育，體育教育），美術，初等教育學院，社會科學系，音樂，美術，計算機。都以師範類的為主。我沒有寫全，我能記住的就這麼多。每個系都有非師範的專業。也都分本科和專科。