其實萬曆皇帝雖然沒有上朝，但是不上朝可不代表不辦公，萬曆年間的很多大事小事都是萬曆處理的，大的比如萬曆三大徵，特別是與日本的壬辰戰爭也一直在萬曆的指揮下進行的。

萬曆帝身有殘疾無法上朝。

1956年至1957年，在郭沫若先生的提議下，塵封了300多年的萬曆皇帝的定陵被匆匆打開。

在打開萬曆帝棺槨時，他的屍骨保存完好，但顯然右腿比左腿短了不少並且脊柱變形，這說明他在生前不但是個瘸子而且還是個駝背的瘸子。並且被這些病痛折磨了他整個後半生。

這就又很好的解釋他為什麼二十多年不上朝的原因了。試想，一位君臨天下的皇帝，九五至尊的天子怎麼能夠以這樣的形象、這樣孱弱的身體示人呢？由此，萬曆帝二十多年不上朝的原因也終於水落石出了。

萬曆皇帝腿瘸是因為他有非常嚴重的足疾，從生出來的時候，萬曆皇帝右腿就比左腿短，並不是後天導致，如果是簡單的肌肉萎縮，還可以治療，這種先天性疾病是沒有辦法治療，當時皇帝也只有這一個兒子，只能把皇位傳給萬曆皇帝。

明神宗萬曆皇帝朱翊鈞在為48年，是明代皇帝總在為時間最長的一位，可是萬曆皇帝剛主持朝政14年後居然開始不上朝，之後20年裡也不理朝政，“不郊，不廟、不朝、不見、不批、不講”。

第一個是萬曆帝腿腳有疾不便上朝。

第二是想立三子朱常洵，可是這違反了當時的制度，遭到了大臣的反對，他氣不過，就用不上朝的消極行為進行抵抗，雖然結果還是失敗了。