最大的區別是，藍細菌是原核生物，沒有核膜包圍的細胞核。綠藻是真核生物，具有細胞核。

真核生物和原核生物的區別在於有無成型的細胞核。真核細胞有核膜核仁等結構，原核細胞只有一團核物質，沒有核膜，除了有核糖體，也沒有其他的細胞器。

綠藻是真核植物，具有各種細胞器，具有分布在質體中的光合色素，在細胞中央具有液泡，以及由兩層纖維素和果膠質組成的細胞壁。

藍細菌有細胞壁，由粘肽組成；無真正細胞核，核的組成物質集於細胞中央，無核膜及核仁；細胞內除含有葉綠素和類胡蘿蔔素外，還含有藻藍素，部分種類含藻紅素；色素分散在細胞質的邊緣，藻體因所含色素種類和多少而呈現不同的顏色。

藍藻以“青色”一詞命名，意為“綠松石藍”顏色。因此，它們也被稱為藍綠藻。藍藻是原核生物，其中綠藻是真核生物。藍藻可以進行光合作用，這意味著它們有能力通過使用Sunny來生產自己的食物。與綠藻相比，藍藻對水生生物的生態環境具有潛在危險。這是因為它們會釋放某些對其他植物，昆蟲，蝸牛等有害的毒素。它們對其他藻類也有毒害，這些藻類吃的是浮游動物和魚類。另一方面，綠藻為浮游動物的生長和繁殖提供了食物來源。

結構和棲息地

藻類是小的單細胞生物，而藍細菌是多細胞生物並且尺寸更大。藻類是真核生物，在每個細胞內具有細胞核，線粒體和葉綠體。他們還有一隻眼睛可以檢測和識別光源並捕獲光線以產生能量。該過程稱為光合作用。藍細菌缺乏細胞核和線粒體。它們通過使用水作為電子源併產生氧氣來進行光合作用。

綠藻存在於湖泊，海洋和淡水中。有些甚至生長在土壤中，生活在樹幹中。綠藻的總體數量估計超過500屬和8500種。藍藻幾乎無處不在，包括湖泊，池塘等水生棲息地，沙子，裸露的巖石和潮溼的土壤等陸地區域。它們在極高的溫度下繁殖，高達60攝氏度和淺水。藍藻的總種類包括世界上150種和約2500 種。

有區別。

1、顏色：褐藻和綠藻首要的區別就是它們的顏色。通常褐藻是褐色的，綠藻是綠色的。但這種情況也有例外，如果褐藻在光照充足的環境中，它的顏色就會變成綠色，不過綠藻通常不會變色。

2、生長環境：褐藻和綠藻的生長環境也不一樣。雖然它們都在水中，但水質有很大的差別。在氨氮含量較高的水體中，褐藻可以生長，一旦氨氮被硝化細菌轉化，褐藻就會消亡。而綠藻更適合在氨氮較少，硝酸鹽含量高的地方生存。