原因如下：

1、在各種光環照耀下長大的孔融孔文舉，名氣很大，以正直敢言，學問高超出名，特別不買國家重要大人物的帳。

何太后封自己的哥哥何進為大將軍，孔融在朝堂公開反對，差點成為劍客的追殺對象。

董卓當權，孔融多次違背他的意圖，因為孔融名氣太大，董卓曾經想殺。

袁紹強盛時，也對孔融動過殺心。

2、諷刺曹操。

曹操擊敗袁紹攻下鄴城時，曹操的兒子曹丕搶了袁紹的兒媳。

孔融對曹操說，以前周武王打敗商紂王，把妲己賞賜給自己的弟弟周公。

曹操也是博學廣聞，問我怎麼不知道?孔融說，以現在的事情推斷，一定是這麼回事!曹操省悟過來，臉黑了好久。

3、反對禁酒令

建安年間征戰四方，軍糧緊張，曹操下了禁酒令。孔融來了篇《難曹公禁酒書》。說天上有酒旗星，地上有酒泉郡。高祖醉酒斬白蛇，開漢家四百年基業，漢景帝醉酒幸唐姬，才有後來光武的中興。這個酒沒有對不起為政者嘛！

曹操回信說酒的害處，夏商兩代都亡於酒！多少人因酒敗事嘛！孔融又回信說，夏商兩代都亡於婦人，現在沒有禁止婚姻吧？說到底還是珍惜米穀罷了！這種人喜歡賣弄自己的聰明，老是到處揭答案。

4、公開反對曹操南征。

《三國志•魏書•孔融傳》記載，曹操率軍南征劉備、孫權，孔融公開反對，在背地裡還說曹操的壞話，結果被人告發。曹操大怒，下令處死孔融全家。