數碼寶貝3主要有三個主角，分別為松田啟人、李建良、牧野留姬。

松田啟人是數碼寶貝3男1號，性格比較多愁善感且細膩，不過也在獅子獸被殺的時候因為憤怒失去控制。

李建良是數碼寶貝3的男2，是一個擁有責任心，做事沉著冷靜的男孩。

牧野留姬是數碼寶貝3的女1，前期有著冷酷的行事風格，後期與搭檔和朋友解除後逐漸變得隨和了很多。

　　雖然第三部出現的人在數碼寶貝系列中是較多的，但真正意義上的主角只有三位： 　　1.松田啟人 　　除了一個標誌著主角的護目鏡，啟人與前兩部的主角完全不同，他非常善良，不愛運動，學習應該也可以（因為他唯一一次被罰站是因為遲到）。他的愛好是玩卡片。總而言之，啟人應該是數碼寶貝系列中最成功的主角。 　　2.牧野留姬 　　她的性格大致分為兩個階段：一開始非常冷酷，但有著高超的智慧與技術，對誰都不留情面（從她很討厭古樂獸那一集就可以看出來）。但後來被另兩位主角感化，變得善良而富有愛心（從她最後隻身去救古樂獸以及為小妖獸系絲巾可以看出來）這個形象塑造的也是非常成功的，數碼寶貝系列中唯一一個有著這種性格的女主角。 　　3.李建良 　　不可或缺的中國元素（正是因為有了他，數碼寶貝當時在中國的銷量大大提昇），既有著啟人的善良又有留姬的智慧和愛心，為人也很淡定，也是6部中唯一一個華人主角。 　　正是因為有了以上的三個“唯一”數碼寶貝三成為了數碼寶貝系列中最成功的一部（個人見解）。它並沒有其他幾部的兩個男主角性格的迥然不同（如太一與阿和，拓也與輝二）而是三位主角和睦相處，感情至深，結尾也非常感人。 　　總之，正是這三位主角形象的成功塑造，才造就了第三部的成功。