大蒜塊莖主要是黑黴病和白腐病，這兩種病使蒜秄爛掉影響產量，大蒜還有很多葉、杆的病、如鏽病、白粉病、病毒病等。

1、根腐病：此病是造成大蒜在苗期大面積死苗的主要病害，其致病菌有（軟腐病）或者（根系變褐色而死苗）。其發病原因是蒜蛆、潛根線蟲叮咬根系後，或者浸入而導致病害發生。大蒜性軟腐病也是收獲後及貯藏期極易發生的病害，如收獲時遇雨、收獲後晾曬不及時、貯藏條件潮溼，則發病重，造成極大損失。

2、菌核病：此病為害假莖，黃褐色腐爛，倒伏，或地上生長緩慢，植株提早枯死。

3、白腐病：大蒜白腐病先從外圍葉尖發病，出現黃褐色縱條斑，植株生長緩慢並黃化，後向假莖發展，溼度大時軟腐。地下蒜頭小，挖出的蒜頭無包葉而失去商品價值。一般多雨，寡光照，則發病嚴重，甚至成災；土質粘重，田間低窪，重茬連作、積水、密度大或偏施氮肥田塊發生重。

4、葉斑病類：葉斑病類包括紫斑病、黑斑病、疫病、灰斑病、煤斑病等，降雨量大的年份發生重，該類病害主要為害葉片，造成葉片枯死，發生嚴重時造成蒜株整株枯死。該類病害病菌溫度適應範圍廣，要求空氣相對溼度較高，春季如出現倒春寒，再加上降雨多則發生嚴重。種植密度大，土壤有機質缺乏，偏施氮肥的田塊發生往往嚴重。

5、葉枯病：葉枯病是大蒜上嚴重而又普遍的病害之一，該病主要為害葉片和蒜薹，嚴重時病葉乾枯，蒜薹不能抽出，或抽出時從病部折斷，顏色黃白。該病菌發育溫度範圍廣，需要溼度大；發病早晚取決於溫度，發生輕重取決於溼度，重茬連作田塊，尤其是將病株殘體堆置于田間地頭的發生嚴重。

6、鏽病：大蒜鏽病是比較常見的一大流行病害，該病主要為害葉片，其次為害假莖；病株蒜頭明顯變小，易開裂，商品價值明顯降低。大蒜鏽病病菌喜溫涼高溼，若春季氣溫回升快，多陰雨，又有微風，利於病原菌傳播和侵入。在地下水位高、土質粘重、低窪的地塊發病重。

7，病毒病：大蒜病毒病可導致蒜頭變小，是目前生產上隱蔽性減產的重要病害。若播種帶毒蒜瓣，出苗後即可發病，一般在高溫乾旱，蚜量大的情況下或土壤乾燥，缺乏肥料，雜草叢生的地塊發病較重。