棗將蜜柑以前給他的那片小愛麗絲石還給了蜜柑，蜜柑恢復記憶了，小瑩和昂依然接受懲罰只有少數人記得小瑩和昂，蜜柑記起小瑩和她的友誼，所以棗、流架和蜜柑踏上了尋找小瑩和昂的道路……

《愛麗絲學園》是日本漫畫家樋口橘在《花與夢》上連載的漫畫。該作品講述擁有特殊能力愛麗絲的少女佐倉蜜柑和她同伴們的校園故事。

萬惡之源初等部校長終於倒臺了。棗為了親自用雙眼確定初等部校長不會從他的火焰愛麗絲中逃脫犧牲了。蜜柑就算用盡愛麗絲也沒有讓他醒來。小泉月對初等部校長使用了吸魂愛麗絲決定用一生去贖罪。對於失去愛麗絲的蜜柑，學校為了保護她決定抹去她的記憶再送到外界生活。失去記憶的蜜柑和被特別允許的小熊還有爺爺一起生活，快樂地升上了高中。但是有一天，鳴海老師殿內學長翼學長流架，還有被打破時空定律的小螢兄妹拯救的棗忽然出現在她面前！寄予了小螢思念的屬於蜜柑自己的愛麗絲石讓她把一切想了起來~于是蜜柑吸收了自己的愛麗絲石（碎片），作為準愛麗絲和他們一起踏上拯救被困於時空的小螢（以及她哥哥）的路程~百合結局。。。吧？作者似乎打算再畫個續篇，尋找小螢的。。。誰知到呢，結局已經足夠完美了。順帶一提，野薔薇和派魯索那在一起了！還有了孩子！我整個人都震驚了。。。全部是自己總結的，歡迎來詢問其他人員動向~歷時十一年的感動就此完結~

從漫畫的第6卷第29話開始。 動畫結局是學園恢復了往日的平和，接漫畫的第七卷的29話《Z組織篇》，講述學園突然通知全校學生說Z組織的入侵者侵入學園了，小瑩駕著自己的天鵝飛車載著蜜柑趕到出事地點。入侵者是一男一女，女人在聽到小瑩喊蜜柑的名字時愣了，正在這時，學園的保衛出現，小瑩為救蜜柑中彈昏迷。 打中小瑩的子彈含有致命病毒，短時間內找不到解毒方法，小瑩陷入危險。蜜柑在看到小瑩痛苦的樣子後十分自責。在聽到殿關於洞穴的傳說後，蜜柑說出希望沿著洞穴出去追蹤Z組織為小瑩找尋特效藥的想法。流架和棗也願意幫忙，殿答應幫他們潛入高等部，大家覺得傳說中的洞穴十有八九和櫻野總代表有關系，打定主意後一行人悄悄潛入學生會室。