內質網上核糖體合成溶酶體蛋白→進入內質網腔進行N-連接的糖基化脩飾→進入高爾基體Cis面膜囊→N-乙酰葡糖胺磷酸轉移酶識別溶酶體水解酶的信號斑→將N-乙酰葡糖胺磷酸轉移在1~2個甘露糖殘基上→在中間膜囊切去N-乙酰葡糖胺形成M6P配體→與trans膜囊上的受體結合→選擇性地包裝成初級溶酶體。

初級溶酶體是在高爾基體的trans面以出芽的形式形成的，其形成過程如下：內質網上核糖體合成溶酶體蛋白→進入內質網腔進行N-連接的糖基化脩飾，溶酶體酶蛋白先帶上3個葡萄糖、9個甘露糖和2個N-乙酰葡萄糖胺。

後切除三分子葡萄糖和一分子甘露糖→進入高爾基體Cis面膜囊→N-乙酰葡糖胺磷酸轉移酶識別溶酶體水解酶的信號斑→將N-乙酰葡糖胺磷酸轉移在1~2個甘露糖殘基上→在中間膜囊由N-乙酰葡萄糖苷酶切去N-乙酰葡糖胺形成M6P配體→與trans膜囊上的受體結合→選擇性地包裝成初級溶酶體。 溶酶體的形成是一個相當複雜的過程。一般認為，溶酶體裡的酶是經粗麵內質網上的核糖體合成後運輸到高爾基體，在此經過加工、分揀與濃縮，被覆外膜，形成囊泡，然後離開高爾基複合體，此時只含水解酶而不含被催化的底物，稱為初級溶酶體。

初級溶酶體與細胞內的胞內體、吞噬體和自噬體融合形成複合物，溶酶體中的酸性水解酶發揮作用，將胞內體和吞噬體等逐步消化，此時的溶酶體不僅含有水解酶。

而且含有大量被催化的底物，是一種正在進行消化作用的溶酶體，被稱為次級溶酶體。

次級溶酶體內的消化作用完成後，酶的活力變得很弱甚至喪失，僅留有未消化的殘渣，稱為殘餘體。

溶酶體酶比較特殊，是在ER中最先合成的，在高爾基體的CGN面有兩種酶：N-乙酰葡萄糖胺磷酸轉移酶和葡萄糖胺磷酸糖苷酶，這兩種酶可將溶酶體酶催化，形成M6P，在高爾基體TGN面有M6P的受體，則配受體結合，可將其送入溶酶體，這種特異性的M6P分選途徑只發生於溶酶體酶，而不發生於其他酶蛋白上。