二者的主要區別如下：

第一、 歐米伽3和亞麻酸的種類不一樣：其中歐米伽3是人體必需的不飽和脂肪酸；而亞麻酸則是以甘油酯的形式存在於深綠色植物中,是構成人體組織細胞的主要成分。

第二、 歐米伽3和亞麻酸的成分不一樣：其中歐米伽3主要包括 α–LNA(阿爾發亞麻酸 十八碳三烯酸)、EPA(二十碳五烯酸)、DHA(二十二碳六烯酸)、PGE(前列腺素)、LT5(白三烯)等；而亞麻酸則存在α、γ兩種晶型。常見的是α-亞麻酸和γ-亞麻酸。α-亞麻酸和γ-亞麻酸是含有十八個碳原子、三個雙鍵的直鏈脂肪酸。

阿爾法脂肪酸是人體必需的脂肪酸之一，主要存在於秋麻籽中，它因含有一根18個碳原子的碳鏈和三個順式雙鍵。第一個雙鍵位於n-3位置或脂肪酸的Omega端。所以，阿爾法脂肪酸被認為是一種多不飽和n-3 (Omega-3) 脂肪酸。ALA脂肪酸主要存在於少數植物及深海魚類中，其中ALA脂肪酸在秋麻籽中佔60%，在油菜籽中佔36%，在葡萄籽中佔8%，在一些深海魚沙丁魚、三文魚等魚中佔5%-13%不等。科學家認為，華人對ALA脂肪酸普遍攝入不足。

阿爾法亞麻酸 又名“α-亞麻酸”是人體不能自身合成的必須脂肪酸，阿爾法亞麻酸（α-Linolenic Acid，α-LNA，全順式9,12,15- 十八碳三烯酸）對於人類決不是可有可無的，而是絕對不可缺少的，它對於人類的健康有著極其重要的作用。阿爾法亞麻酸是一種多不飽和脂肪酸，是一種必需脂肪酸。阿爾法亞麻酸是一種生命核心物質，是構成人體腦細胞和組織細胞的重要成分，是人類一生中每天都需要的一種營養素。α-亞麻酸在紫蘇籽油中佔67%，亞麻籽油中佔55%，牡丹籽油中佔42%，在沙棘籽油中佔32%，在巴馬火麻油中佔20%，在菜籽油中佔10%，在豆油中佔8%，在星油藤油中佔50%。目前自然界中，人類所發現含有α-亞麻酸最高的食用油是紫蘇籽油 。