自來水水中可能含有一些致病微生物如細菌、病毒、寄生蟲或蟲卵等，此外還可能含有一些對人體有害的化學成份。當飲用了這些不衛生的生水後，就容易患病。雖然城市的自來水經過消毒但也不可能完全放心,何況自來水是用氯消毒的、自來水含氯氣對人體不利。

喝自來水應注意，早晨流出的第一桶自來水可作為生活用水，但不宜飲用。因為這些水在自來水管裡停留一夜，可能有細菌繁殖，也可能從水管中溶解出一定量的金屬元素。開水一般沸騰3分鐘，飲用未燒開或煮沸過久的水，對身體都不利。飲用水可先放置數小時再燒開（但不宜超過一天）。在全世界範圍內，用氯消毒的水，水中的鹵代烴有害物都無法完全避免，人體自身的解毒功能可使含量不多的有害物不至於產生危害。有條件者可以考慮使用合格的的活性炭淨化器，以更加安全地飲用自來水。

自來水經過重重沉澱過濾打氯，可能在官網中有鐵鏽和渣子或者小蟲，但是細菌很難有，水中的氯就要了細菌親命了。

自來水有細菌嗎

無論是以地表水還是地下水為水源,自來水中的細菌、大腸桿菌可以說是無處不在。水是生命之源。水中含有營養成份,而水具有相對的熱穩定性,因而為各類細菌提供了生長、繁殖的絕好環境。即使水中含有極微量的營養成份,但細菌、病毒也會存活和滋生的。

自來水經過處理以後，基本上細菌已經處理了但是飲用的話還需要加熱燒開

最好不要同時加，在使用硝化細菌前，如果水十分混濁，可先用淨水劑處理，待沉澱後用虹吸法吸去沉澱物，並用時先放置過液的水換去缸水的1/3，隨後加入硝化細菌。

硝化細菌和淨水劑所起的作用是完全不同的。淨水劑是靠絮凝作用在很短的時間內，將懸浮顆粒吸附過來形成比較大的顆粒而沉澱，然後由水泵將其抽到過濾器中，達到澄清水質的作用。這樣的水雖然是清的，可是裡面的氨氮卻依然存在，對魚的毒害作用依然存在，魚該得病還得病。而硝化細菌的作用卻是將水中有毒的氨氮清除掉的，這樣的水即使不那麼清，但是魚卻不會因為氨中毒而得病或死亡。