施用微生物菌劑一年2次為好。

微生物菌劑即便是一次大量補充後也不會很快全部被植物吸收利用，而是緩慢的，在一個較長的時間內被微生物分解，變成植物可以利用的部分。必須要根據土壤的情況和作物的情況區別對待，長年累月地多次的進行補充。這樣才能保持土壤長期的有機質存在，同時也保證了土壤活動的微生物基數。

一般情況下，微生物菌肥在大田中的施用以種植前的底肥為主，也可以在收割後進行秋後施用 ，這要根據土壤深翻和旋耕時間定，大多在春播前10-15天施入，方便在播種時生物菌肥中的菌已經發揮作用。

而果樹的生物菌肥施用則可分為春季和秋季兩次，以秋季10月份左右施用為多，次年3月份為輔。因為果樹根系比較深，而且比較發達，可以達到樹冠投影處，所以，果樹對菌肥的要求量比較大，10月份的菌肥施用完全大過複合肥料，而3月的菌肥可以略次於複合肥料。這樣施菌肥的目的，一是對土壤疏鬆度的要求，二是土壤有機質的明顯需求。比如果樹要在每季下果後都要進行菌肥補充，這樣不斷地進行土壤調理和中微量元素的補充，可以使果樹慢慢吸收，不至於一口吃飽或者不夠吃。

微生物菌劑一般可以15-20天用一次。微生物菌劑在作物的整個生長週期需使用3-5次左右及以上，才能提高肥料的吸收利用率，提高作物的產量和品質，在使用時可以搭配營養類肥料，如氨基酸、黃腐酸鉀、海藻精等，能加大吸收效果。