一、外觀不同

蜜蜂窩是蜜蜂哺育幼蟲和儲存蜂蜜的地方，野生蜂群一般將巢築在隱秘的岩洞或樹洞中，家養蜜蜂則築巢在蜂箱中，整個蜂巢由多個垂直於地表的巢脾組成，而馬蜂窩根據馬蜂的種類不同有不同的外觀，小型馬蜂的巢穴看起來像向日葵，大型馬蜂的巢穴規模比較龐大，外觀看起來像個球體，而蜂巢則包裹在球體裡面。

二、材質不同

蜜蜂窩是由蜂群內適齡工蜂腹部蠟腺分泌的蜂蠟制作而成的，將蜜蜂窩融化後可以得到蜂蠟，比較奇特的是蜂群中的工蜂只在10～20日齡之間能分泌蜂蠟，之前或之後都不能分泌蜂蠟，而馬蜂多用浸軟的似紙漿般的木漿造巢，馬蜂中的工蜂在咀嚼吞下乾燥的植物材料後又將其回吐出來並與唾液混合用以構成紙樣的巢。

三、結構不同

蜜蜂窩由數張呈片狀並與地面垂直的構成，巢脾數量因蜂種和群勢而異，例如群勢較強的中蜂一般有7～8張，但每張巢脾之間有一定的距離，從而構成了看似分散但有緊密聯繫的蜂巢，而馬蜂窩的結構根據蜂種不同差異非常大，小型馬蜂的巢結構比較簡單，大型馬蜂的巢為多層結構，外部有巢殼包裹，巢門開在下部。