(一)獨立性原則

儘管內部審計是相對獨立的，但獨立性是內部審計的基本特徵，設立內部審計機構必須符合審計獨立性的要求。無論是部門中的還是企業單位中的內部審計機構，都必須保持其組織上和業務上的獨立性。既不能把內部審計機構附設在財務部門中，也不能附設在其他職能部門中，否則，就喪失了它的獨立性，就難以客觀公正地進行審計。獨立性是內部審計機構設置的前提要求。

(二)專職高效原則

所謂專職，是指內部審計部門及人員應該是專門從事審計工作的機構和人員，它完全置身於其他具體的業務活動之外。所謂高效，是指內部審計機構的設置應該精幹，因事納人。專職高效是內部審計機構設置的基本要求。

(三)權威性原則

只有具有一定的權威，才能順利開展內部審計工作。審計署在《關於內部審計工作的規定》中指出，內部審計是國家授予的權力，部門、單位在設立內部審計機構時，應就內部審計的職責和權限作出明確規定，並強調內部審計的權威性，以利於工作的進行。內部審計機構自身也要通過審計成果的科學性來增強其權威性。

企業內部審計機構設置的獨立性。企業內部審計機構的設置應獨立於其他職能部門，與其他職能部門互不隸屬，內部審計機構直接向企業高層領導負責，或向企業董事會、監事會負責。