《永樂大典》編成後，就珍藏在南京的文淵閣。朱棣遷都北京時，專門下令將《永樂大典》的正本運往北京，原稿仍然留在南京《文淵閣》裡。

到了明英宗（即朱棣的曾孫朱祁鎮）當皇帝時，南京文淵閣遭遇一場大火，體積達幾十立方米的原稿，全都化為烏有。比這更令人痛惜的是，《永樂大典》的正本到了北京之後，傳到嘉靖皇帝手中，嘉靖皇帝又重錄了一套副本，從此，正本竟然不知在何時何地，就神秘地失蹤了，誰也不清楚它的去向。

沒有

永樂年間修訂的《永樂大典》原書只有一部，全部是用明代官用楷書一筆一筆抄寫成，繪圖精麗工致，隻手抄正本一部，未刻印。

也有人曾提議刊刻，但因“工費浩繁”而作罷。當時刻版印刷的圖書一般都是曆書等需要量很大的書籍。《永樂大典》太龐大浩繁，如果要刊印，無論雕版還是活字排印，印刷這麼大部頭的類書都不太現實，所耗成本太大，且這部書也不是以流布民間普及文化為目的，耗時耗力刊印沒有必要。

永樂大典》收錄經史子集及天文、地志、陰陽、醫卜、釋道、技藝等圖書七、八千種，輯成22877卷，凡例、目錄60卷，裝成11095冊。約3億7千萬字。書編成後，即珍藏在南京的文淵閣，永樂遷都後，又移至北京，深藏在故宮內的文樓（即文昭閣）裡，很少利用，主要是供皇帝觀看。《永樂大典》太龐大，太浩繁，又不是以流布民間普及文化為目的，刻版耗時耗力沒有必要。

當時刻版印刷的圖書一般都是曆書或者宗教用書等需要量很大的書籍。

且《永樂大典》皆用名家書寫，叫做寫本（無論時代早晚，刻印本書是否盛行，書籍的手寫傳抄出自名流學者之手，往往也稱為寫本，而不稱為抄本），不是一般的抄本，進獻給皇帝更顯珍品。