001 雲霄飛車殺人事件 (黑衣組織—琴酒 、伏特加出場，工藤新一喝下APTX4869變小。大幕拉開)
002 董事長千金誘拐事件(阿笠博士知道其身份，工藤新一化名為江戶川柯南）
013 奇怪的尋親殺人事件（宮野明美初登場）
043 江戶川柯南誘拐事件(父母知道變小)
048 外交官殺人事件（上集）
049 外交官殺人事件（下集）(服部平次登場，工藤新一第一次恢復)
054 電玩公司殺人事件 (龍舌蘭出現，被炸死)
057 福爾摩斯迷殺人事件（上集）
058 福爾摩斯迷殺人事件（下集）(平次知道身份)
128 黑暗組織10億搶劫事件 （宮野明美死亡，黑衣組織浮出水麵）
129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件 (灰原哀出場）
130 競技場無差別脅迫事件(前篇)(灰原說出了工藤新一與組織在半個世紀前就有了關系) 170 黑暗之中的死角 （上集）（重要人物新出醫生登場）
171 黑暗之中的死角 （下集）
176 與黑暗組織的再會（灰原篇）(皮斯克出場)
177 與黑暗組織的再會（柯南篇） （宮野志保第一次恢復）
178 與黑暗組織的再會（解決篇） （皮斯克被琴酒滅口，貝爾摩德出場）
188 性命交關的復活-洞窟內的偵探團
189 危命的復活_負傷的名偵探
190 危命的復活_第三種選擇 （工藤新一第二次恢復）
191 危命的復活_黑衣騎士
192 危命的復活_新一回來了
193 危命的復活_約定的場所
226 格鬥遊戲的陷阱（上集） （朱蒂出場）
227 格鬥遊戲的陷阱（下集）
230 謎一樣的乘客（上集） （赤井秀一出場，形勢複雜）
231 謎一樣的乘客（下集）
242元太的災難（提到GIN是左撇子)
258 來自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布萊克出場）
259 來自芝加哥的男子（下集）
269 犯罪的遺物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盜，目標直指柯南）
270 犯罪的遺物 （下集）
271 急忙掩飾的忽略（上集）
272 急忙掩飾的忽略（下集） （灰原被懷疑，形勢危急）
277 英語教師VS西部名偵探（上集） （柯南叫博士調查克里斯·賓亞德）
278 英語教師VS西部名偵探（下集）
279 迷宮的陰暗（上集）
280 迷宮的陰暗（下集）
286 工藤新一紐約事件（事件篇） （知道克里斯就是美國已故大明星莎隆.賓亞德的女兒。） 287 工藤新一紐約事件（推理篇）
288 工藤新一紐約事件（解決篇）（貝爾摩德扮成殺人魔登場，赤井秀一對其進行追蹤。蘭知道赤井秀一是FBI。）
307 無聲的證據（前篇）（再次抓住黑暗組織的尾巴）
308 無聲的證據（後篇）（下一集的引子）
309 與黑暗組織的接觸（交涉篇）
310 與黑暗組織的接觸（追蹤篇）
311 與黑暗組織的接觸（決死篇）（柯南得知組織在僱佣電腦工程師編寫一個神秘的系統軟件）
329金錢買不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父親：宮野厚司。是阿笠博士的舊識。) 330金錢買不到的友情（下集）
335 東京現影所的秘密（前篇） （灰原被跟蹤，山雨欲來）
336 東京現影所的秘密（後篇）
338 四輛保時捷（前篇）
339 四輛保時捷（後篇）（茱蒂、赤井發現灰原與黑衣組織有聯繫、貝爾摩德知道灰原的身份）
340 廁所裡隱藏的秘密（前篇）
341 廁所裡隱藏的秘密（後篇）（灰原在廁所中找到了媽媽的錄音留言）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（後篇）（小蘭發現茱蒂老師公寓牆後的照片，引起對朱蒂身份的懷疑） 345 直面黑色組織的對決!滿月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光） 346 尋找P股上的印記（前篇） （為上一集善後）
347 尋找P股上的印記（後篇）
361 帝丹高中的學校怪談（前篇）（真正的新出醫生回歸）
362 帝丹高中的學校怪談（後篇）
374 星星和香煙的暗號（前篇）
375 星星和香煙的暗號（後篇）（柯南聽到山村警官給他奶奶打電話的按鍵音和貝爾摩的給Boss發簡訊時的按鍵音相似，推測boss在鳥取縣）
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和諧音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和諧音(間奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和諧音(尾奏曲) (boss的手機號被發現，鬥爭新動向）
425 被組織的魔掌觸碰的瞬間 （水無憐奈、基安蒂、科恩出場，烽煙再起）
429 無法回到從前的兩人(前篇) （本堂瑛佑出場）
430 無法回到從前的兩人(後篇)
462 黑暗組織的影子 年幼的目擊者 （本堂瑛佑行事詭異，引起柯南注意）
463 黑暗組織的影子 奇妙的照明
464 黑暗組織的影子 謎樣的高額報酬
465 黑暗組織的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（後篇）
491 紅與黑的碰撞 開始 （最精彩的一個系列，不可不看）
492 紅與黑的碰撞 血緣
493 紅與黑的碰撞 絕叫
494 紅與黑的碰撞 冥土
495 紅與黑的碰撞 昏睡
496 紅與黑的碰撞 侵入
497 紅與黑的碰撞 覺醒
498 紅與黑的碰撞 攪亂
499 紅與黑的碰撞 偽裝
500 紅與黑的碰撞 遺言
501 紅與黑的碰撞 嫌疑
502 紅與黑的碰撞 潔白
503 紅與黑的碰撞 決死
504 紅與黑的碰撞 殉職 （第二次對決，赤井秀一疑似犧牲，水無憐奈CIA身份遭到組織懷疑）
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（後篇）（本堂瑛佑知道了柯南是工藤新一）
509 紅白黃色與偵探團（水無憐奈給朱蒂傳遞信息，組織派出一名代號為波本的成員專門調查雪莉。衝矢昴出場，灰原哀察覺出異樣）
510 柯南VS W暗號之謎
511 推理對決！新一VS衝矢昴
521 殺人犯 工藤新一
522 新一的真正身份和蘭的眼淚（工藤新一第三次恢復）
523 真正想問的事
524 令人憎恨的藍色火花（前篇）（最前面一部分，交代上一集的結果）
542 讓魚兒消失的一角巖(前篇)
543 讓魚兒消失的一角巖(後篇)（衝矢昴的言語直逼灰原）
563 偵探團VS強盜團(騷亂)
564 偵探團VS強盜團(沉默)（疑似赤井秀一的人登場)
578 召喚危機的紅色預兆
579 黑與13的暗示（疑似秀一的男子和衝矢昴同時出現，局勢再次混亂，赤井秀一身份再次遭人懷疑）
580 緊迫黑色的時限
581 紅色的搖擺目標（水無憐奈被琴酒懷疑沒有殺掉赤井秀一，琴酒準備讓基安蒂對疑似赤井秀一的人進行狙擊但並未成功）
值得一提的是，005在漫畫版中與TV版中不同。漫畫版中那兩個人就是琴酒和伏特加，柯南偷聽了他們的對話而得知他們的代號。然而TV版卻改成了兩個長相相似的人，後來動畫版052(片頭介紹了琴酒和伏特加，最早不是054）中柯南又莫名其妙地知道了琴酒和伏特加的代號。這成了柯南TV版劇情的一個漏洞，但已經沒法彌補了。而且在漫畫的“奇怪的尋親殺人事件”中，宮野明美是與琴酒和伏特加接頭的，接著被殺害，而動畫版改成了被警察逮捕。這段劇情像極了動畫版128集，可以說128集是一個補丁，但這個補丁打得並有遺漏的地方：在第13集小蘭和毛利大叔明明是認識宮野明美（即廣田雅美）的，但是到了第128集卻變成了只有柯南認識廣田雅美，而小五郎和小蘭完全跟沒見過廣田雅美一樣。
001 雲霄飛車殺人事件 (黑衣組織—琴酒 、伏特加出場，工藤新一喝下APTX4869變小。大幕拉開)
002 董事長千金誘拐事件(阿笠博士知道其身份，工藤新一化名為江戶川柯南）
013 奇怪的尋親殺人事件（宮野明美初登場）
043 江戶川柯南誘拐事件(父母知道變小)
048 外交官殺人事件（上集）
049 外交官殺人事件（下集）(服部平次登場，工藤新一第一次恢復)
054 電玩公司殺人事件 (龍舌蘭出現，被炸死)
057 福爾摩斯迷殺人事件（上集）
058 福爾摩斯迷殺人事件（下集）(平次知道身份)
128 黑暗組織10億搶劫事件 （宮野明美死亡，黑衣組織浮出水麵）
129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件 (灰原哀出場）
130 競技場無差別脅迫事件(前篇)(灰原說出了工藤新一與組織在半個世紀前就有了關系) 170 黑暗之中的死角 （上集）（重要人物新出醫生登場）
171 黑暗之中的死角 （下集）
176 與黑暗組織的再會（灰原篇）(皮斯克出場)
177 與黑暗組織的再會（柯南篇） （宮野志保第一次恢復）
178 與黑暗組織的再會（解決篇） （皮斯克被琴酒滅口，貝爾摩德出場）
188 性命交關的復活-洞窟內的偵探團
189 危命的復活_負傷的名偵探
190 危命的復活_第三種選擇 （工藤新一第二次恢復）
191 危命的復活_黑衣騎士
192 危命的復活_新一回來了
193 危命的復活_約定的場所
226 格鬥遊戲的陷阱（上集） （朱蒂出場）
227 格鬥遊戲的陷阱（下集）
230 謎一樣的乘客（上集） （赤井秀一出場，形勢複雜）
231 謎一樣的乘客（下集）
242元太的災難（提到GIN是左撇子)
258 來自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布萊克出場）
259 來自芝加哥的男子（下集）
269 犯罪的遺物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盜，目標直指柯南）
270 犯罪的遺物 （下集）
271 急忙掩飾的忽略（上集）
272 急忙掩飾的忽略（下集） （灰原被懷疑，形勢危急）
277 英語教師VS西部名偵探（上集） （柯南叫博士調查克里斯·賓亞德）
278 英語教師VS西部名偵探（下集）
279 迷宮的陰暗（上集）
280 迷宮的陰暗（下集）
286 工藤新一紐約事件（事件篇） （知道克里斯就是美國已故大明星莎隆.賓亞德的女兒。） 287 工藤新一紐約事件（推理篇）
288 工藤新一紐約事件（解決篇）（貝爾摩德扮成殺人魔登場，赤井秀一對其進行追蹤。蘭知道赤井秀一是FBI。）
307 無聲的證據（前篇）（再次抓住黑暗組織的尾巴）
308 無聲的證據（後篇）（下一集的引子）
309 與黑暗組織的接觸（交涉篇）
310 與黑暗組織的接觸（追蹤篇）
311 與黑暗組織的接觸（決死篇）（柯南得知組織在僱佣電腦工程師編寫一個神秘的系統軟件）
329金錢買不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父親：宮野厚司。是阿笠博士的舊識。) 330金錢買不到的友情（下集）
335 東京現影所的秘密（前篇） （灰原被跟蹤，山雨欲來）
336 東京現影所的秘密（後篇）
338 四輛保時捷（前篇）
339 四輛保時捷（後篇）（茱蒂、赤井發現灰原與黑衣組織有聯繫、貝爾摩德知道灰原的身份）
340 廁所裡隱藏的秘密（前篇）
341 廁所裡隱藏的秘密（後篇）（灰原在廁所中找到了媽媽的錄音留言）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（後篇）（小蘭發現茱蒂老師公寓牆後的照片，引起對朱蒂身份的懷疑） 345 直面黑色組織的對決!滿月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光） 346 尋找P股上的印記（前篇） （為上一集善後）
347 尋找P股上的印記（後篇）
361 帝丹高中的學校怪談（前篇）（真正的新出醫生回歸）
362 帝丹高中的學校怪談（後篇）
374 星星和香煙的暗號（前篇）
375 星星和香煙的暗號（後篇）（柯南聽到山村警官給他奶奶打電話的按鍵音和貝爾摩的給Boss發簡訊時的按鍵音相似，推測boss在鳥取縣）
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和諧音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和諧音(間奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和諧音(尾奏曲) (boss的手機號被發現，鬥爭新動向）
425 被組織的魔掌觸碰的瞬間 （水無憐奈、基安蒂、科恩出場，烽煙再起）
429 無法回到從前的兩人(前篇) （本堂瑛佑出場）
430 無法回到從前的兩人(後篇)
462 黑暗組織的影子 年幼的目擊者 （本堂瑛佑行事詭異，引起柯南注意）
463 黑暗組織的影子 奇妙的照明
464 黑暗組織的影子 謎樣的高額報酬
465 黑暗組織的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（後篇）
491 紅與黑的碰撞 開始 （最精彩的一個系列，不可不看）
492 紅與黑的碰撞 血緣
493 紅與黑的碰撞 絕叫
494 紅與黑的碰撞 冥土
495 紅與黑的碰撞 昏睡
496 紅與黑的碰撞 侵入
497 紅與黑的碰撞 覺醒
498 紅與黑的碰撞 攪亂
499 紅與黑的碰撞 偽裝
500 紅與黑的碰撞 遺言
501 紅與黑的碰撞 嫌疑
502 紅與黑的碰撞 潔白
503 紅與黑的碰撞 決死
504 紅與黑的碰撞 殉職 （第二次對決，赤井秀一疑似犧牲，水無憐奈CIA身份遭到組織懷疑）
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（後篇）（本堂瑛佑知道了柯南是工藤新一）
509 紅白黃色與偵探團（水無憐奈給朱蒂傳遞信息，組織派出一名代號為波本的成員專門調查雪莉。衝矢昴出場，灰原哀察覺出異樣）
510 柯南VS W暗號之謎
511 推理對決！新一VS衝矢昴
521 殺人犯 工藤新一
522 新一的真正身份和蘭的眼淚（工藤新一第三次恢復）
523 真正想問的事
524 令人憎恨的藍色火花（前篇）（最前面一部分，交代上一集的結果）
542 讓魚兒消失的一角巖(前篇)
543 讓魚兒消失的一角巖(後篇)（衝矢昴的言語直逼灰原）
563 偵探團VS強盜團(騷亂)
564 偵探團VS強盜團(沉默)（疑似赤井秀一的人登場)
578 召喚危機的紅色預兆
579 黑與13的暗示（疑似秀一的男子和衝矢昴同時出現，局勢再次混亂，赤井秀一身份再次遭人懷疑）
580 緊迫黑色的時限
581 紅色的搖擺目標（水無憐奈被琴酒懷疑沒有殺掉赤井秀一，琴酒準備讓基安蒂對疑似赤井秀一的人進行狙擊但並未成功）
值得一提的是，005在漫畫版中與TV版中不同。漫畫版中那兩個人就是琴酒和伏特加，柯南偷聽了他們的對話而得知他們的代號。然而TV版卻改成了兩個長相相似的人，後來動畫版052(片頭介紹了琴酒和伏特加，最早不是054）中柯南又莫名其妙地知道了琴酒和伏特加的代號。這成了柯南TV版劇情的一個漏洞，但已經沒法彌補了。而且在漫畫的“奇怪的尋親殺人事件”中，宮野明美是與琴酒和伏特加接頭的，接著被殺害，而動畫版改成了被警察逮捕。這段劇情像極了動畫版128集，可以說128集是一個補丁，但這個補丁打得並有遺漏的地方：在第13集小蘭和毛利大叔明明是認識宮野明美（即廣田雅美）的，但是到了第128集卻變成了只有柯南認識廣田雅美，而小五郎和小蘭完全跟沒見過廣田雅美一樣。