對於真菌序列的比對，通常使用的是基於Smith-Waterman算法的局部比對工具，如BLAST、BLAT、Bowtie等。

這些工具可以在較短的時間內對大量的真菌序列進行比對，並且能夠準確地識別出相似性較高的序列。

此外，還可以使用一些基於全局比對算法的工具，如ClustalW、MAFFT等，這些工具可以對整個序列進行比對，但是比對速度較慢，適用於較小的序列比對。總之，選擇何種比對工具應根據具體的研究目的和數據量來確定。

真菌序列通常採用BLAST程序來進行比對，BLAST具有快速比對速度和高度準確性的優勢，這使得它成為序列比對的首選方法。
此外，一些新的比對工具如Diamond，HMMER等也被廣泛應用於真菌序列比對，它們可以提供更高的比對靈敏度和更準確的結果，對於一些特殊的問題提供了很好的選擇。

真菌序列通常使用Bowtie2或BWA軟件進行比對，這是因為這些軟件的算法和參數設置適用於較長的序列，並且針對真菌基因組的特點進行了優化。
除了Bowtie2和BWA，也有不少其他的比對工具可以用於真菌序列的比對，如STAR、HISAT2等，但它們需要更長的比對時間和更高的計算資源。
總之，使用合適的比對工具可以提高比對的準確性和速度，從而更好地挖掘真菌序列的功能和特性。

多序列比對：將提取出來的ITS序列與已知的真菌ITS序列進行比較，可以使用多種軟件，如ClustalW、MAFFT等，將序列進行比對，並進行手動調整。

1. 常用的比對工具有BLAST、Bowtie、BWA、HISAT等多種。
2. BLAST是基於局部比對算法的，對於較短的序列或者需要在不同物種間進行比對時效果較好。
Bowtie、BWA和HISAT則是基於全局比對算法，對於長序列或者需要進行基因組水平的比對時效果更好。
選擇比對工具時需要根據研究對象和研究需求來確定。
3. 隨著新技術的發展，比對工具也在不斷更新和優化，未來可能會出現更加高效和準確的比對工具。

答案如下：真菌序列通常使用blast或diamond進行比對。
Blast和diamond是最流行的真菌序列比對軟件。
這些工具能夠在數據庫中快速蒐索並匹配具有相似序列的參考序列。
而真菌基因組和轉錄組具有高度複雜性，而這兩種工具提供了強大的比對分析能力，能夠對這些複雜性進行分析，從而解釋真菌的生物學特徵。
除了blast和diamond，還有其他的真菌序列比對工具，如HMMER，LAST和Bowtie等。
每一種工具都有其相應的優缺點，需要結合實際情況進行選擇。
比對質量的好壞可以對後續的序列分析和注釋產生重大影響，因此選取適當的比對工具非常重要。

回答如下：真菌序列可以用多種比對工具進行比對，包括：

1. BLAST：基於相似性蒐索的比對工具，可以在NCBI網站上進行在線比對。

2. Bowtie2：高效的短讀比對工具，適用於Illumina測序數據。

3. BWA：基於Burrows-Wheeler變換的比對工具，適用於Illumina和454測序數據。

4. HISAT2：基於BWT算法的比對工具，適用於RNA-Seq數據。

5. STAR：快速、準確的RNA-Seq比對工具，能夠識別splice junctions。

6. TopHat：結合Bowtie2和SAMtools的RNA-Seq比對工具，能夠識別splice junctions。

7. MAFFT：多序列比對工具，適用於比對多個真菌基因組序列。