氫鍵不是化學鍵,氫原子與電負性大的原子X以共價鍵結合，若與電負性大、半徑小的原子Y（O F N等）接近，生成X-H…Y形式的一種特殊的分子間或分子內相互作用，氫鍵的本質:與電負性很大的、含孤電子對並帶有部分負電荷的原子B之間的靜電引力。

化學鍵（chemical bond）是純淨物分子內或晶體內相鄰兩個或多個原子（或離子）間強烈的相互作用力的統稱。使離子相結合或原子相結合的作用力通稱為化學鍵。離子鍵、共價鍵、金屬鍵各自有不同的成因，離子鍵是通過原子間電子轉移，共價鍵的成因較為複雜。

1、作用不同

化學鍵使離子或原子相結合的作用力。

氫鍵由於具有靜電性質和定向性質，氫鍵在分子形成晶體的堆積過程中有一定作用。

2、分類不同

氫鍵分為分子內氫鍵和雙氫鍵與Π氫鍵。

化學鍵分為即離子鍵、共價鍵、金屬鍵（氫鍵不是化學鍵，它是分子間力的一種）。

第一個區別,氫鍵屬於分子與分子之間的一種相互作用,而普通的化學鍵即離子鍵和共價鍵屬於分子內部原子之間的相互作用.

第二個區別,氫鍵的作用力相比較於普通化學鍵要弱一些.

氫鍵和化學鍵是兩種不同的化學鍵。
氫鍵的形成是靠一個原子上的氫原子與另一個原子中的帶有電負性較高的原子形成的相互作用力，如水分子中氫鍵的形成。
而化學鍵是由兩個原子間的共用電子對形成的相互作用力，例如氧氣分子中的化學鍵。
氫鍵和化學鍵的區別在於它們的形成方式和相互作用力是不同的。
化學鍵分為共價鍵、離子鍵和金屬鍵，氫鍵雖然也稱為化學鍵，但是其在化學反應中的作用和化學鍵有較大的區別。
同時，氫鍵在生物學、化學和材料科學等學科中有重要的應用，能夠很多分子的結構和性質。