二者主要區別如下：

第一、 小葉紫檀與小葉赤楠的科屬不一樣：其中小葉紫檀是為豆科紫檀屬；而小葉赤楠是桃金娘科蒲桃屬。

第二、 二者形態特徵不一樣：小葉紫檀屬喬木，樹高約25米，胸徑57厘米。樹幹通直，少大枝椏。樹皮深褐色，深裂成長方形薄片。而小葉赤楠是常綠灌木，高不及1.5米，嫩枝纖細，有4稜，幹後黑褐色。葉片革質，細小，常3葉輪生，狹窄長圓形或狹披針形，長1.5-2厘米，寬5-7毫米，先端鈍或略尖。

第三、 二者產地環境不一樣：小葉紫檀喜光，不耐蔭。耐乾熱氣候，在極端最高氣溫45-46℃及最低氣溫7.2-12.7℃均能生長。天然分佈於乾旱多巖的丘陵山地，大多為頁岩、石英岩、砂岩發育的土壤，在中國熱帶和南亞熱帶地區雨量充沛，多雨季節正值高溫期，有利於生長，溼潤肥沃和高溫氣候可速生；而小葉赤楠習性喜陽亦耐蔭，耐乾旱瘠薄，自然分佈於中國長江中下游以南的湖北、湖南、江西、浙江、安徽、福建、廣東、廣西、貴州等地。

區別在於：

紫檀最早是在印度熱帶森林和島嶼上發現的。華人酷愛紫檀木，商周以來，即為車轅及宮廷上好家具材料，為世上頂級家具材料。日本奈良正化院保存歷代天皇器物的寶庫有數件中國唐代送給天皇的黑檀器物。 據史料記載，隋唐五代，中國開始用黑檀、紫檀制作家具及工藝品。唐代是中國家具走向成熟時期，是家具發展史上一次重大飛躍

赤楠，灌木或小喬木；嫩枝有稜，幹後黑褐色。葉對生，葉片革質，闊橢圓形至橢圓形，有時闊倒卵形，長1.5-3cm，寬1-2cm，先端圓或鈍，有時有鈍尖頭，基部闊楔形或鈍，上面幹後暗褐色，無光澤，下面稍淺色，有腺點，側脈多而密，脈間相隔1-1.5mm，斜行向上，離邊緣1-1.5mm處結合成邊脈，在上面不明顯，在下面稍突起；葉柄長2mm。

紫檀最早是在印度熱帶森林和島嶼上發現的。華人酷愛紫檀木，商周以來，即為車轅及宮廷上好家具材料，為世上頂級家具材料。日本奈良正化院保存歷代天皇器物的寶庫有數件中國唐代送給天皇的黑檀器物。 據史料記載，隋唐五代，中國開始用黑檀、紫檀制作家具及工藝品。唐代是中國家具走向成熟時期，是家具發展史上一次重大飛躍

小葉紫檀為雙子葉植物綱、蝶形花科、紫檀屬喬木。小 葉紫檀質地堅硬，表面紋理細密，表面有黑色條紋，表皮顏色發紅，附有很多細小的牛毛紋，切麵上有條紋狀。小葉赤楠一般指輪葉蒲桃，是桃金娘科。蒲桃屬常綠灌木，中文學名輪葉蒲桃，別稱小葉赤楠、山烏珠。 小葉紫檀和小葉赤楠相比較，紫檀更好。