因為他替投降匈奴的李陵說了幾句公道話。

在司馬遷看來，漢武帝殺了李陵全家，而匈奴人對李陵卻始終以禮相待，李陵在走投無路時投降匈奴也情由可原。這一舉動觸怒了漢武帝，所以被施以腐刑。

因為司馬遷為了投降匈奴的李陵說情。

李陵是漢武帝劉徹的發小之一，但是由於各種原因，李陵在戰場上被匈奴圍困，最終投降。並且娶了匈奴老婆。漢武帝大發雷霆，只有司馬遷敢為李陵說公道話。所以被暴怒的漢武帝處以極刑。

司馬遷因為為李廣之孫李陵投降匈奴之事說了幾句公道話，被漢武帝直接宣判了死刑。

當時被判死刑的犯人有兩種方法可以免死，第一種是用五十萬錢來贖罪，第二種是接受腐刑。

司馬遷當時哪裡籌得那麼多錢，拿錢贖罪這條路顯然走不通，那麼，留給司馬遷的便只有兩種選擇了，第一種是接受死刑，第二種是接受腐刑。死刑是一了百了，人死了萬事皆空。腐刑則一種痛苦，人活著生不如死。

腐刑也叫宮刑，就是閹割男子生殖器，破壞男子生殖機能的一種肉刑，讓人無法再生育，有如腐木不再生果實。接受這種刑法的人，畏冷怕風，隨時都有生命危險，因此在施刑的牢房當中必須保暖，就好像民間養蠶的屋子那樣，因此，受腐刑也叫下蠶室。

司馬遷遭受腐刑的原因主要有三,一是“沮貳師”,即詆毀漢武帝的寵臣李廣利。

二是“誣上”,司馬遷極力為李稜的失敗投降辯解,那麼失敗的責任在誰呢?顯然是歸咎於漢武帝。因為漢武帝給李陵的兵力太少,且又都是步兵。當李稜陷於困境時,又無得力的將領去接應,從而導致孤軍無援,兵敗而降。

三是“為李稜游說”,即為李陵投降變節開脫罪責,甚至說好話。簡言之,“誣上”是司馬遷遭受腐刑的主要原因,“沮貳師”是借口,“為李陵游說”是導火線。

有的認為,司馬遷受腐刑的原因,不只是“沮貳師”、“誣上”或其他,還有漢武帝難以說出口的原因,這就是司馬遷所寫的《史記》。司馬遷的《史記》,有許多進步的方面,如肯定秦王朝的歷史功績,同情在漢王朝殘暴統治下爆發的農民起義,不為漢朝統治者歌功頌德。而且,司馬遷撰寫《史記》,具有“不虛美,不隱惡”,堅持真理,秉筆直書的精神,敢於揭露當時君主將相的種種隱私等,這些都是漢武帝以及他所寵信的將相所不能容忍的。衛宏《漢書舊儀注》也說:“司馬遷作《景帝本紀》,極言其短及武帝過,武帝怒而削去之。後坐舉李陵,陵降匈奴,故下遷蠶室。”(見裴駟《史記·太史公自序集解》)因此,李陵事件,只是漢武帝對司馬遷進行迫害的一個借口而已。 還有的認為,司馬遷受腐刑,是漢武帝的剛愎自用、事事獨斷的結果。武帝在位五十四年,先後任命丞相十三人,御史大夫十八人(其中四人升為丞相),這些丞相和御史大夫,或曲意逢迎,或恭謹保位,無人敢於犯顏直諫。司馬遷為李陵辯解,本意是為了維護朝廷的利益,減少人們對朝廷調兵不當的指責。可是在盛怒之中的武帝,根本不體察司馬遷的苦心,不等他把話說完,就將他下獄治罪,處以重刑。司馬遷在入獄六年後寫的《報任安書》中,也認為此事是武帝處事不周所致。另外,司馬遷受腐刑與漢武帝的變態性格有關。漢武帝晚年,乖張暴戾,聽不得一點不順耳的話,動輒就對大臣加罪,他先後任用的十三位丞相,就有六人因不太大的過失被殺或被迫自殺。所以,武帝對司馬遷為李陵辯護的行為不加寬容,也就不奇怪了。