鱷龜卵的體積比較大，殼厚實，在自然條件下孵化期長達60天~80天，孵化率僅為85％左右，而採用人工孵化設施，孵化期可縮短到42天~48天，孵化率可以達到94％~98％。

把裝有龜卵的孵化箱移入孵化室，空氣溼度最好控制在81％~85％之間，沙子含水量控制在手握成團，鬆手即散為度；溫度控制在28℃~31℃之間，最佳溫度為30℃。

1、準備孵化箱：鱷龜產蛋後就要孵化，現在一般都是採取人工孵化。孵化時首先要準備一個大小合適的孵化箱。箱子的最下方鋪上一層泡沫板，但是泡沫板上要扎一個小孔。再鋪上一層粗砂，最上面鋪上2層細砂，最後將蛋放在砂子上就可以。要注意蛋與蛋之間的間隔要大一些。

2、控制孵化環境：鱷龜蛋在孵化的時候，需要保持孵化箱內的溫度在28-30℃之間，溼度也要保持在81%-85%之間。砂子的含水量最好控制在7%-8%之間。

3、定期檢查：孵化箱內的環境調整好後就可以開始孵化，在孵化期間，飼養者需要定期觀察，如果發現砂子變白，就說明缺水了，此時要適當噴一些水。還要定期拿手電筒照一下鱷龜的蛋，避免有壞掉的影響其它的蛋。