1. 氨（NH3）：氨是蛋白質代謝過程中的主要產物之一。氨可以通過尿液、汗液等途徑排出體外，也可以在肝臟中被進一步轉化為尿素和其他物質。

2. 丙酮酸（pyruvate）：當體內缺乏足夠的能量時，氨基酸（如支鏈氨基酸）可以通過糖異生途徑轉化為丙酮酸。丙酮酸可以通過檸檬酸循環（又稱三羧酸循環或Krebs循環）進一步氧化分解產生能量，以滿足生物體的能量需求。

3. 乳酸（lactate）：在肌肉細胞中，氨基酸（如支鏈氨基酸）可以通過糖酵解途徑生成乳酸。乳酸是肌肉細胞內的一種代謝廢物，需要通過血液循環輸送到肝臟，在肝臟中被進一步轉化為葡萄糖，從而補充糖原儲備。

4. 氨基酸代謝中間產物：在氨基酸轉換過程中，還會產生多種中間代謝產物。例如，天冬氨酸（aspartic acid）可以在天冬氨酸轉氨酶的作用下生成穀氨酸（glutamate）和氨。此外，穀氨酸可以在穀氨酸脫氫酶的作用下生成α-酮戊二酸（α-ketoglutarate），α-酮戊二酸是三羧酸循環中的關鍵中間產物。

體內氨基酸的分解代謝終產物是二氧化碳、水以及能量。人體內氨基酸的分解代謝一般是先脫去氨基，形成的碳骨架可以被氧化成CO2和H2O，產生ATP ，也可以為糖、脂肪酸的合成提供碳架。腺苷三磷酸（ATP adenosine triphosphate）是由腺嘌呤、核糖和3個磷酸基團連接而成，水解時釋放出能量較多，是生物體內最直接的能量來源。氨基酸的代謝是比較複雜的過程，而且是個動態過程，但當人體機能全部消失後最終會通過各種方式轉化為二氧化碳、水以及能量。