牙黃天珠的顏色是由其中含有的鐵元素決定的，而鐵元素的含量又取決於它的形成環境。如果牙黃天珠形成的環境中含有大量的鐵元素，那麼它的顏色就會更深，價格也會更高。要想獲得高質量的牙黃天珠，首先要了解它的形成環境，以及它的質量和稀有度

鑑別牙黃天珠的方法是通過石英燈和紫外線燈的檢驗。
用石英燈照射，牙黃天珠會發出明亮的黑色光，而地球產的假牙黃則會發出暗黃色的光。
用紫外線燈，則會發現牙黃天珠沒有熒光，而假牙黃則會發出黃綠色的熒光。
通過這兩種方法可以準確地鑑別牙黃天珠的真假。

牙黃天珠鑑別品相好壞需要看到方面較多，具體如下：

（1）色澤分明、紋路清楚，呈橢圓、肥大之天珠為最佳。 帶眼牙黃天珠的眼數愈多及眼為單數者因較稀少，故價格愈高。

(2)看牙黃天珠的光澤。所謂洶涌是指表面反向光的強度而言，反射率大，洶涌就強。一般洶涌可分為：玻璃光澤、油脂光澤、蠟狀光澤及土狀光澤等。牙黃天珠表面由於年代久遠的自然風化而形成較不平滑、反射光有紊亂的現象，用肉眼觀察表面似塗一層油脂，這種光澤稱為油脂光澤。有些油脂光澤特別亮，則可稱為蠟狀光澤。有些牙黃天珠經過火烘，表面呈現灰白色，對光產生某種陷阱而暗淡無光，這種情形稱為土狀光澤。

(3)看牙黃天珠的透明度，透明度是指透光的能力，其實透光與不透光是相對的。一般鑒定透明的標準，是以兩毫米的厚度用適當的光源透視，光全部透出稱為透明，部分透過稱為半透明，不透過稱為不透明。由於至純天珠的古老鑲蝕工藝所致，整體漂白後一次鑲蝕和多次鑲蝕的成因，珠體整體而言為不透光表徵。

(4)看牙黃天珠的完整性。從外觀察整顆天珠的完整度，是最直接且效果好。由於老天珠年代久遠，想找一顆完善無暇的天珠頗為困難，因此天珠兩端呈現斜面丟眼色的磨損並不影響其完整度。一般而言，除傳世品外少部分的破損可能是供佛裝藏或磨粉配藥之用，應可接受。至於斷裂成半或嚴重破損的天珠，已失去作用不宜收藏。新仿天珠一般都完好無缺，其傾斜面都有“作殘”痕跡，要特別留心。

(5)看牙黃天珠的風化紋。所謂風化紋是指老化表面特徵，最具代表年代長短的標誌，用放大鏡仔細觀察，可以發現許多自然而不規則的風化紋路，深淺不一，似魚鱗紋又似鳳爪紋，尤其在黑棕色紋路上觀察比較清楚明顯。