1、外形不同

軍魚體呈圓筒形，吻比較圓鈍，與草魚最大的不同就是草魚沒有須，而軍魚有兩對須。

而從化娟魚屬鯉形目鯉科雅羅魚亞科草魚屬，體色青黃色，頭是寬平的，沒有須。

2、生活習性不同

軍魚一般棲息在水域的底層，性子比較活潑，喜歡群居在底層水域有亂石的地方，對水質的要求很高，所以很難養殖。軍魚是雜食性魚，主要食物為水生植物，如藻類、淡水殼菜，也吃一些水生昆蟲及其幼蟲。

而從化娟魚一般棲息在水域的中下層和靠近岸邊的水草區域，而且性子活潑，喜歡成群覓食。一般以水生昆蟲、藻類為食，也吃一些葷食如蚯蚓、蜻蜓等。而且從化娟魚因為其食性簡單，對餌料的要求不高，而且生長速度很快，產量高。

從化娟魚是一種珍稀的淡水魚種，多分布在長江及其支流南澳江流域，體型較小，為雙鰭魚，體色淡雅，但頸部有紅紫色斑點，有的有一排假眼斑；下有一長的鱗門，背鰭眼鱗大而粗。軍魚也叫“短背紅腹鰍”，是鰍科魚類，體色紅綠相間，背部從頭部到尾部呈縱向條狀，腹部紅色，鰓口比較大，體長較從化娟魚稍大一些，尾部有鯰鰓，尾柄甚長，有懾魚效果。