交通肇事罪案底通常存檔在相關的執法機構或司法機關的檔案館中。這些機構包括警察局、法院和檢察院等。案件的相關文件、證據和記錄將被妥善保存，以備將來的調查、審判和參考之用。

這些存檔的目的是確保案件的透明度、可追溯性和法律程序的公正性。

同時，存檔也有助於提供歷史案例的參考，以便對類似案件進行比較和研究。

會在公安部門存檔。

在中國法律中一般指有過刑事犯罪前科的檔案記錄，而該犯罪檔案一般存放至公安部門保存。交通肇事罪是中國刑法規定的犯罪之一，因此，如果觸犯了刑事法律，會留下案底，永遠保存於公安機關。

根據中國《刑事訴訟法》和《公安機關辦理刑事案件程序規定》，交通肇事罪案底應該在公安機關交通管理部門或者其他負有交通管理職責的部門進行存檔。這些部門負責收集、整理、保管和移交交通肇事罪案件的相關材料和信息，以便對案件進行審查、起訴和審判。