限時挑戰位置分別是第1個挑戰位置：鶴觀最右邊神像下面，完成條件：在40秒收集6個雷微粒，獎勵：精緻寶箱

第2個挑戰位置：茂知祭場傳送點上方石臺上，完成條件：在80秒內收集9個雷微粒，獎勵：普通寶箱

第3個挑戰位置：茂知祭場文字旁，完成條件：在120秒內收集12個雷微粒，獎勵：普通寶箱借助雷種子

第4個挑戰位置：菅名山南方向山腰完成條件：120秒內開啟寶箱獎勵：精緻寶箱借助3波雷種子

第5個挑戰位置：菅名山山頂完成條件：在120秒內收集13個雷微粒獎勵：精緻寶箱中間借助雷種子

第6個挑戰位置：逢嶽之野正南方完成條件：在70秒內擊敗所有敵人（0/3）獎勵：精緻寶箱

第7個挑戰位置：逢嶽之野西南方完成條件：在40秒內收集7個雷微粒獎勵：普通寶箱

第8個挑戰位置：逢嶽之野字體旁完成條件：在30秒內引爆炸藥桶（0/4）獎勵：普通寶箱

第9個挑戰位置：知比山傳送點西南方懸崖上完成條件：30秒內開啟寶箱獎勵：珍貴寶箱穿越相位之門（先去地靈龕調整下相位之門的方向）

第10個挑戰位置：知比山傳送點右邊山腳完成條件：在50秒內擊敗所有敵人（0/3）獎勵：普通寶箱

第11個挑戰位置：知比山地下東北方完成條件：在70秒內擊敗所有敵人（0/4）獎勵：珍貴寶箱需要拿羽毛（完成【霧海紀行】第二階段：【霧海紀行】：傾聽木簧笛的八音曲）照旁邊的鳥刻像，拿雷種子（30級）進入雷屏障，挑戰擊敗敵人解除寶箱封印。

第12個挑戰位置：知比山地下西邊完成條件：在120秒內擊敗所有敵人（0/3）獎勵：珍貴寶箱，先用羽毛照壁畫處的雷鳥石雕，解謎火把，開啟寶箱，再用羽毛照有五顆幽燈蕈的壁畫那邊刻雷鳥石雕，開啟機關，水位下降，進去找到限時挑戰。