在菊花茶裡，黃酮類物質一般是黃色的，所以泡菊花茶時，黃酮類色素溶解在水裡了，菊花茶看上去就是黃色的。但是，黃酮類物質十分不穩定，很容易被空氣中的氧氣氧化，進而失去本來的黃色色澤，而變成綠色。所以，菊花茶放一段時間一般就會變色。

菊花泡水後變綠一般是因為浸泡是時間過久，因為菊花中含有葉綠素，浸泡時間過長會變綠;也可能是因為水溫太高，水溫過高會促進葉綠色的溶解，導致茶水變綠;還可能是水質呈鹼性，菊花中的花色素與鹼性物質會發生化學反應，導致其顏色變綠。

一般是含有花色素以及綠原酸等導致會變綠或者是泡的久了、水溫不合適等。

菊花含有花青素，可以與水中的酸性或鹼性物質相互作用。當水的PH值為鹼性時，花青素會變成藍綠色，這也與溫度有關。水溫越高，綠得越快。一般純淨水不會引起上述問題，而自來水是微鹼性的，長時間浸泡後會變綠，但沒有毒副作用，這與菊花茶的質量無關。由於菊花茶沖泡時間長，茶葉中的綠原酸在空氣中會氧化變綠，說明菊花已經變性，綠了就不能喝，所以需要倒掉。