根據腐殖質的形成，將其分為兩大類：

（1）原生腐殖質

指在土壤、泥炭和褐煤等天然物質中含有的腐殖質。土壤腐殖質是土壤中的植物殘體經過土壤微生物的分解形成的。泥炭腐殖質是植物在成煤過程中第一階段形成的產物。泥炭被埋藏於地下之後，經地質成岩作用轉變成褐煤，在褐煤中曾發現有微生物的存在，因此微生物有可能參與形成腐殖質的作用。

（2）再生腐殖質

是指煤通過自然風化或人工氧化後生成的腐殖質。主要有：

風化煤再生腐殖質 指煤在地表經風化作用而形成的腐殖質。含量的多少與煤所經受的風化程度及煤中灰分高低有關。中國風化煤中腐殖酸含量一般在35%左右。

硝酸氧化再生腐殖質 指褐煤通過硝酸氧化所生成的腐殖質。

人工空氣氧化再生腐殖質 是將褐煤經流化床氧化所形成腐殖質。一般褐煤經空氣氧化後，腐殖質含量可以得到提高。

此外，目前還有從造紙廢液和木材水解的副產品中提取腐殖質，以及通過人工合成腐殖質。