義務教育階段學籍人籍分離可能會導致以下後果：

1、影響學生的學業：學籍與戶籍分離可能導致學生無法享受到所在地的教育資源，如優質的師資、教育設施等，從而影響學生的學業發展。

2、增加家庭負擔：學生需要跨地區上學，可能需要支付額外的交通、住宿等費用，給家庭帶來經濟負擔。

3、影響教育公平：學籍人籍分離可能導致教育資源的不均衡分配，使得弱勢群體的學生難以獲得良好的教育機會。

4、影響社會穩定：學籍人籍分離可能導致學生與家庭分離，影響學生心理健康和社會適應能力，從而對社會穩定產生一定影響。

5、影響教育管理：學籍人籍分離可能導致教育管理部門的工作難度增加，需要投入更多的人力和物力來維護和管理。

義務教育階段學籍人籍分離可能會導致一些不利的後果：

1. 教育流失：學籍人籍分離可能導致學生失去了受教育的機會，尤其是那些沒有合法身份文件的學生，他們可能無法進入學校系統，從而喪失了接受教育的權利。

2. 社會不公平：學籍人籍分離會增加社會不公平。一些學生可能因為身份問題而被拒絕入學，這會限制他們未來的機會，導致教育的不平等。

3. 輟學率上升：學籍人籍分離可能導致學生輟學率上升，因為一些學生可能會因為無法合法入學而失去學習的興趣。

4. 社會融合問題：學籍人籍分離可能加大社會融合的難度，因為一些學生可能會被排斥在教育系統之外，這會阻礙他們融入社會的能力。

5. 教育質量下降：如果一些學生因為學籍人籍分離無法獲得教育，可能會降低整體教育質量，因為社會中的每個人都應該有平等的受教育權。

因此，學籍人籍分離通常被認為是不利的，教育制度應該致力於提供平等的教育機會，確保每個學生都有權利接受教育，不受身份或籍貫的限制。

學籍人籍分離對學生高考報名資格,家庭困難學生補助等方面有很大的影響,在高考報名中人籍分離是要回到學籍所在學校報考的,非常麻煩,而且畢業證也不能辦理。人籍分離的學生不能享受家庭困難學生補助,已經發放的補助需要退回到資助中心。