外來物種危害主要會破壞本土的生態系統，會快速侵蝕本土物種的資源，導致本土物種大量減少甚至滅絕。

生物入侵是指某種生物從外地自然傳入或人為引種後成為野生狀態，並對本地生態系統造成一定危害的現象。這些生物被叫做外來物種。外來物種是指那些出現在其過去或現在的自然分佈範圍及擴散潛力以外的物種、亞種或以下的分類單元，包括其所有可能存活、繼而繁殖的部分、配子或繁殖體。

外來入侵物種具有生態適應能力強，繁殖能力強，傳播能力強等特點；被入侵生態系統具有足夠的可利用資源，缺乏自然控制機制，人類進入的頻率高等特點。外來物種的“外來”是以生態系統來定義的。

1、外來物種入侵會嚴重破壞生態平衡。

外來物種入侵，會對植物土壤的水分及其他營養成份，以及生物群落的結構穩定性及遺傳多樣性等方面造成影響，從而破壞當地的生態平衡。如引自澳洲而入侵中國海南島和雷洲半島許多林場的外來物種薇甘菊，由於這種植物能大量吸收土壤水分從而造成土壤極其乾燥，對水土保持十分不利。此外，薇甘菊還能分泌化學物質抑制其他植物的生長，曾一度嚴重影響整個林場的生產與發展。

2、外來物種入侵會嚴重破壞生物的多樣性，並加速物種的滅絕。

生物的多樣性是包括所有的植物、動物、微生物種和它們的遺傳信息和生物體與生存環境一起集合形成的不同等級的複雜系統。外來物種入侵卻是威脅生物多樣性的頭號敵人，入侵種被引入異地後，由於其新生環境缺乏能制約其繁殖的自然天敵及其他制約因素，其後果便是迅速蔓延，大量擴張，形成優勢種群，並與當地物種競爭有限的食物資源和空間資源，直接導致當地物種的退化，甚至被滅絕。