在抖音小店修改物流單號發貨人不一致是可以的，但需要注意以下幾點：

1. 修改時機：盡量在物流信息還未更新至快遞公司系統之前進行修改。一旦物流信息同步至快遞公司，再修改可能會引起快遞公司的異議。

2. 確保信息準確：修改物流單號時，請確保新的物流單號與實際發貨人的信息一致。避免因信息不一致導致的物流糾紛。

3. 避免頻繁修改：頻繁修改物流單號可能會引起平台監測，影響店鋪信譽。在修改時，請確保有正當理由，如發貨人臨時更換、快遞公司原因等。

4. 及時通知消費者：如果您修改了物流單號，請及時通知消費者，避免消費者因物流信息不一致而產生疑問。

5. 遵守平台規定：請遵守抖音小店的相關規定，確保合法合規經營。在修改物流單號時，切勿濫用平台政策，以免引起不必要的麻煩。

總之，在抖音小店修改物流單號發貨人不一致是可以的，但需要確保信息準確、合法合規，並盡量避免頻繁修改。同時，關注消費者滿意度，提供優質的服務。這樣既能維護店鋪信譽，又能確保消費者權益。