一、先打一盆清水，最好是溫水，不要太熱，30度左右吧。然後把要清理的鳳眼菩提子手串扔到水盆裡，等待它完全慢慢的沉入水底後，就不用管它了。在裡邊浸泡上10幾個小時吧。

二、十幾個小時甚至一天後，拿出來，兩個人一人抓一頭把鳳眼串拉平(如果只有自己的話，可以找一個木板，一頭頂上釘子來代替另外一個人)，拉平後，用鋼絲刷以垂直角度平刷，刷的時候不要把刷子狠狠的壓在珠子上，而是應該像我們用掃帚掃床上的渣子一樣的方法。這樣可以使珠子轉動起來，以保證每個地方都能刷到。刷十幾下把鳳眼菩提子手串轉轉，以保證離手近的那部分也能被刷到。

三、刷完後，把鳳眼菩提子手串在扔回水盆裡，用手使勁攪，讓刷下來的渣滓洗下來。攪完後，再換一盆溫水，泡上幾個小時候，用硬毛刷像第2步那樣刷一下刷。

四、覺得基本乾淨了，就可以拿出了，如果你是買了幾條精選，那這個時候把繩子剪斷，讓珠子全都放到水中，觀察，變得黑紅暗紅的留下，那些還是很黃的就跳出來吧，很大可能是糠籽了。如果單是1條，也沒關係。

五、把留下的撈出來放到一塊乾布上，然後兜起來使勁甩一甩，用手隔著布輕輕搓一搓，這樣是為了把大部分水甩到揉到布上，感覺布很溼了，就換到另外一塊乾布上，用手平揉珠子，這樣幾次後，珠子表面的水分就基本幹了，可是滲透進內部的水石不可能完全弄出來的。

六、弄完後，找一個容器，把珠子全放進去，陰干則可。