第一，學科專業不一樣。清華大學側重於工科專業，北京大學側重於理科、文科專業，這是清華大學和北京大學最大的區別所在。

從清華大學入選國家世界一流學科建設的學科情況來看，絕大部分專業都是工科專業，而北京大學的專業有不少是文科專業的。

雖然清華大學和北京大學都有理科的專業，而且理科專業都很強，但是相比之下，清華大學的理科與北京大學的理科有所不同，清華大學側重於應用研究，而北京大學側重於基礎研究，例如北京大學的數學學科。

正是由於清華大學北京大學兩校在學科上的不一樣，所以清華大學往往被歸於理工科類的大學類別，而北京大學則相對顯得更為綜合性一些

第二，學校排名不一樣。無論是從國際排名還是從國內各大排行榜來看，清華大學的排名要高於北京大學。

之所以清華大學的排名要高於北京大學，主要是因為清華大學側重於工科，有很多應用型的學科，這些學科容易發表高水平論文，在國際上的影響因子更大，因此在排名上更有競爭力和說服力

這主要是跟排名有一定的關聯，這說明排名還是能夠影響學校社會聲譽的。

第三，學校錄取分數不一樣。一般情況下，由於清華大學招生規模要顯著少於北京大學，因此清華大學的錄取分數要比北京大學更高一些。