財務審計專業和工程審計專業在工作內容和性質上是有不同的，財務審計主要是審計公司的財務賬目以及財務相關制度建設等方面，而工程審計主要審計的是工程的預結算以及工程的進度等方面的一個工作，所以兩者的工作內容是有本質區別的，相對來說財務審計所設計的工作容的範圍更廣一些。

工程審計和財務審計審計對象不同。

工程審計是屬於工程造價專項審計，從事工程審計必須有工程造價師資格才能從事工程審計工作崗位，必須具備看懂工程圖紙懂工程造價方面知識。

財務審計也是會計報表審計，從事財務審計必須是中國註冊會計師資格才能從事財務審計。

可以說工程審計和財務審計工作崗位都不錯。

工程決算審計是針對竣工項目本身的審計，就是工程竣工造價多少錢，審計施工方是否多報金額，被審計對象是施工方，財務決算審計也是針對項目本身的審計，但被審計對象是建設方，審計建設方建設該項目是否要花費這麼多錢。