目前，最好的方法是通過EM等微生物發酵飼料原料，從而降低棉菜粕的抗營養因子，提高蛋白利用率。有資料顯示，菜粕發酵後，粗蛋白含量提高10％~13.5％，小肽含量提高2.91％~403.12％，硫甙降解率達51.3％~84.4％。棉粕的粗蛋白含量提高3.79％~27.83％，棉酚降解率達53.4％~91.64％。從理論上講，如果全國菜粕棉粕發酵後，將能增加供應約200萬噸的蛋白質原料，約佔總進口量的6.7％。

　　江南大學生物工程學院教授陸健也認為，發酵飼料原料，可提高蛋白飼料利用率，緩解飼料資源緊張，解決養殖環境汙染問題。他介紹，發酵蛋白飼料類似於在蛋白飼料原料這條食物鏈上增加有益微生物的體外預消化過程，降解抗營養因子並積累有益代謝產物，實現營業與功能並舉，引領無抗新時代。他說，經發酵後，棉菜粕蛋白的抗原性隨著蛋白的降解而隨之減弱，吸收利用率也隨之提高，從而可提高在飼料中的使用比例。