1、原料區別。轉基因油主要是用轉基因農作物制作的食用油，如轉基因大豆、轉基因花生等，而非轉基因則主要是用正常的沒有轉基因的大豆、花生制作的食用油，這是本質區別。

2、食用安全性區別。轉基因油因為用的是基因都被改變的大豆或者花生等不正常農作物制作的油，所以本身油的食用安全性無法保障，因此在市場上都是禁止售賣的，而非轉基因油則是用普通的大豆或花生等正常生長的農作物制作的油，所以可以放心食用。

3、色澤區別。轉基因油一般色澤比較淺，呈淡黃色，因為原農作物基因發生改變，體積變大或者變粗，所以制作的食用油色澤也更為淺色，而非轉基因油一般色澤為黃色或深黃色，原農作物的基因正常出油率低，食用油色澤比較正常。

4、味道區別。轉基因油一般氣味比較淡，因為原農作物已經改變基因，所以制作的食用油氣味不純，炒菜不香，而非轉基因油氣味比較濃郁，因為保留了原農作物的正常基因，營養和味道得以充分釋放。