一、葉綠素不同

1、綠藻：色素中以葉綠素a和b最多，還有葉黃素和胡蘿蔔素，故呈綠色。

2、藍藻：含葉綠素a，不含葉綠素b。

二、生長環境不同

1、綠藻：綠藻多見於淡水，常附著於沉水的巖石和木頭，或漂浮在死水表面；也有生活於土壤或海水中的種類，浮游種類是水生動物的食物或氧的來源。

2、藍藻：有些藍藻可生活在60～85℃的溫泉中；有些種類和菌、苔蘚、蕨類和裸子植物共生；有些還可穿入鈣質巖石或介殼中(如穿鈣藻類)或土壤深層中（如土壤藍藻）。

三、價值不同

1、綠藻：綠藻在植物進化的研究中也很重要；據認為單細胞的衣藻與陸地植物的祖先相似，貯藏的營養物質主要為澱粉和油類。

2、藍藻：有不少藍藻（如魚腥藻）可以直接固定大氣中的氮（原因：含有固氮酶，可直接進行生物固氮），以提高土壤肥力，使作物增產。還有的藍藻為人們的食品，如著名的髮菜和普通念珠藻（地木耳）、螺旋藻等。