1、酌量使用。將光合細菌添加在飼料中投餵（魚、蝦、蟹）時，按1%的比例拌入即可，每隔2-3天投餵1次；用於預防疾病時，可經常使用，魚池施入量為1-2g/m3，蝦、蟹池為5-10g/m3，方法是兌水後全池潑灑。

2、適時使用。選擇在晴天使用，使用光合細菌的適宜水溫在20℃以上，低溫及陰雨天氣時不宜使用。

3、看水使用。在肥水時使用光合細菌，可促進有機汙染物轉化，避免有害物質積累，可改善水體環境，增加生物餌料。當水體消瘦時，則應先施肥培肥水質，然後再施入光合細菌，這樣做有利於保持光合細菌在水體中的活力和繁殖優勢，降低使用成本。此外，當池水呈酸性時，應先使用生石灰，將pH值調節在7.0-8.0之間，然後再施入光合細菌。

4、與肥配用。在池塘施肥時，配合施用光合細菌效果更為明顯。這樣做不僅可避免因施肥量過大而水質難以把握的缺陷，而且還能防止因藻類老化而造成水質變壞現象的發生，有利於增強培水、淨水效果。