1.物理過濾法： 　　物理過濾法又稱為機械過濾法，是利用抽水馬達、管路、過濾器、濾網、過濾棉、軟水樹脂等，來濾除水中的懸浮微粒、殘餌排洩物、雜質等，來達到水質的淨化。

　　 　　過濾濾材有： 　　軟水樹脂——陽離子交換樹脂可有效吸收水中鈣、鎂等陽離子，達到及時軟化水質的功能。在軟水樹脂的作用之下，可長期維持一個軟水、低PH值的水質條件。適合：七彩神仙、燈魚、短鯛、門魚等。　　 　　過濾棉——直接利用過濾棉細緻交錯的孔隙，將水中的雜質、懸浮微粒濾除，使用過一段時間的濾棉，上面會沉積許多的雜質，過濾效果降低，需要更換。飼養孔雀魚適合。　　2.化學過濾法： 　　化學過濾法是利用化學處理系統的吸附作用或是氧化作用，將已溶於水中的有機氮化合物、磷酸鹽類、碳酸鈣 　　離子、碳酸鎂離子、色、異味等去除的各種過濾法，此種方法以不能再回復的方式除去水中的有害物質，來達 到水質淨化的效果。可配合的過濾器材有： 　　活性碳——吸收水中的殘留氯，去除異味及吸附水中懸浮物質，還可以去除水中褐黃色物質。　　 　　麥飯石——除毒淨水麥飯石具有獨特的吸附有害物質及溶出礦物質雙效功能。可吸除排洩物、殘餌、土壤中分解出的氨、亞硝酸鹽、重金屬等有毒物質，更有除臭、穩定PH值、軟化水質等功效，可適用於淡 水及海水缸。　　 　　吸氨石——是天然環保材料，多種沸石組成，可快速吸附水中的鈹離子、硝酸離子、亞硝酸離子，達到去除有毒性的氨、亞硝酸鹽、硝酸鹽的目的，並具有恆定水中酸鹼值的功效。　　 　　防藻清水樹脂——化學性濾材，它是一種吸附樹脂，是專門為水族箱的過濾系統所研發的先進濾材，可去除水中的有害硝酸鹽、亞硝酸鹽及磷酸鹽，還可以抑制藻類的生長，並使其漸漸的死亡，造就潔淨、 健康的水質。　　 　　防藻生化棉——化學性濾材，將防藻清水樹脂合成於生化棉中，有清除水中亞硝酸鹽、硝酸鹽及預防藻類等功效。　　3.微生物過濾法： 　　利用微生物過濾濾材的表面或孔隙讓微生物附著在其上，形成生物膜，以進行微生物分解作用，此生物膜的菌種即為壓厭氧性脫氮細菌及硝化細菌。在無氧的情況下，脫氮細菌，可將硝酸鹽還原成氮氣，經由過濾系統逸散到大氣中，而硝化細菌可將氮氧化，轉換成硝酸鹽，成為水草能夠利用的養分。水族箱中如果沒有硝化細菌的存在，必然會面臨到氨、亞硝酸鹽含量提高的危險，如果水中含有跑題的硝化細菌，不斷分解水中的氨、亞硝酸鹽，減少氨、亞硝酸鹽對魚只及水草的毒害，使魚安穩地生活在水中，水族箱的生態系統才可確保。　　【硝化細菌】是好氧性細菌，它是在有氧的環境下生長，此類細菌包括形態各異有桿菌、球菌、螺旋菌等，這些細菌均可行硝化作用。硝化細菌包含兩個不同的代謝群：一個是亞硝酸菌屬（NITROSOMONAS)為經氧化作用將氨轉化成亞硝酸的細菌類。二是硝酸菌屬（Nirtobacter)為將亞硝酸氧化再轉化成硝酸的細菌類，二者增多屬於絕對性的自營性細菌。　　光合成細菌可在水中以行光合作用作為能量來源，利用氨行光合作用，其體內因含有葉綠素及類胡蘿蔔素因而呈現淡粉紅色。光合成細菌可在受汙染的水域中生存，擔任淨化水質的角色，但無法在無光有氧的環境下發揮其功能。光合成細菌可將水中有機質及有毒物質加以吸收利用，使得異營性微生物因缺乏營養轉為弱勢種，因而降低產生有毒物質的機會，同時底砂中的有毒物質也得以分解淨化，促進水中生物的生長。　　可應用的濾材有： 　　 　　生物培菌棉片——孔隙最多不會阻塞，可持續培養硝化細菌，適合好氧性細菌，不受空間限制，切割方便，可根據自己的需要任意改變外型尺寸。　　 　　生物培菌棉塊——表面積是一般過濾棉的3到5倍，適合好氧性細菌培養，網狀包裝，可任意地改變刑狀。　　 　　滴流培菌球——適合配合滴流式過濾器，以塑膠骨架提供最大的表面積，無方向性擺置，可阻止水流急速滑落，可同時培養好氧，厭氧性細菌。　　 　　四合一培菌球——集合增氧作用，生物過濾作用、氧化作用、還原作用於一球，結合培菌球及過濾棉塊，具有增加容氧量及交換二氧化碳的作用，可同時培養好氧、丈氧細菌，達到淨化水質的功能。　　機械貝培菌球——具I字型導流溝構造，可創造最高的表面積，防止因重疊所造成的黑死區，可同時培養好氧、厭氧細菌。　　 　　呼吸玻璃生物環——是採用天然的矽酸鹽高溫燒製而成，孔隙空間十分細緻，適合微生物的附著，表面積大，附著量也相對的提高許多，進行微生物過濾的效果十分良好。同時，滲透性高，是一般同型濾材的八倍，可同時培養厭氧、好氧性細菌。