榮耀90 Pro和華為Mate 40E Pro的主要區別如下：
1. 外觀設計：榮耀90 Pro採用了玻璃機身設計，而華為Mate 40E Pro則採用了玻璃+金屬中框的設計，外觀上略有不同。
2. 攝像系統：榮耀90 Pro搭載了後置5000萬像素主攝+800萬像素超廣角攝像頭+2000萬像素人像攝像頭的三攝系統，而華為Mate 40E Pro則搭載了後置5000萬像素主攝+2000萬像素超廣角攝像頭+1200萬像素長焦攝像頭的三攝系統。
3. 處理器：榮耀90 Pro搭載的是華為自家的麒麟9000E處理器，而華為Mate 40E Pro則搭載了麒麟9000處理器，兩款處理器在性能上略有差異。
4. 電池容量：榮耀90 Pro的電池容量為4000mAh，而華為Mate 40E Pro的電池容量為4200mAh，後者稍大一些。
5. 系統版本：榮耀90 Pro採用了Magic UI 5.0系統，而華為Mate 40E Pro採用了EMUI 11系統，兩者在界面和功能上略有差異。
除了以上區別，兩款手機在其他方面如屏幕、存儲、連接性能等方面基本保持一致。所以，選擇哪款手機還需根據個人對於外觀和攝像功能的偏好進行選擇。