有水文與水資源工程、水利水電工程、港口航道與海岸工程、土木工程、環境工程、計算機科學與技術、電氣工程及其自動化等。

河海大學是以水利為特色，工科為優勢，多學科協調發展的重點大學，是國家“雙一流”建設高校，國家“211工程”重點建設、“985工程優勢學科創新平台”建設以及設立研究生院的高校

水利工程是河海大學最王牌的專業了，並且河海大學前身是華東水利學院，後將南京大學水利系、交通大學水利系、同濟大學土木系水利組、浙江大學土木系水利組併入，實力強勁，第四輪學科評估中，和清華大學並排A+。

其次，土木工程是國家一級重點（培育）學科、江蘇省一級重點學科、江蘇省優勢學科建設工程學科，所以它的土木工程專業學科實力是有的，在最新一輪學科評估結果顯示，河海大學的土木工程學科實力被評為A-，同檔次的還有天津大學、中南大學等高校，它土木工程的學科實力甚至超過了好幾所“建築老八校”成員校。