刺兒菜以根莖繁殖為主，除草劑使用時，宜選用內吸傳導性好藥劑噴施防除，利於藥劑集中傳導至根系使其死亡。

因此生產上除作物播後苗前進行藥劑封閉，以減少出苗外，棉花可以在株高30厘米以後，選用三氯啶磺隆對其噴施防除，對小麥田可以選用二甲四氯混配氯氟吡氧乙酸，或雙氟·唑嘧胺，也可以選用麥草畏等除草劑與小麥拔節前噴施防除，效果均較好。

玉米田宜選用麥草畏混配氯氟吡氧乙酸或二甲四氯鈉等防除，對大豆等田塊，一般選用氯酯磺草胺或豆傑混配滅草松在大豆二複葉期後至四複葉期期噴施，花生田可以選用乙羧氟草醚加滅草松或乳氟禾草靈防除，油菜田則宜二氯吡啶酸防除效果較為優異。

對空閒田刺兒菜，一般宜與刺兒菜3-4葉期時需要二甲草甘膦或苯嘧磺草胺加安融樂或有機硅，一般都可以有效根除。

總之，刺兒菜宜根據不同作物田塊選用對路藥劑適期噴施防除，可以有效除根，控制為害。