1、普通的顯微鏡是根據樣品不同的透射率可以觀察出圖像，偏光顯微鏡的原理是利用的衍射，可以更精細的觀察產品的結構。

2、普通顯微鏡的載物臺是不可以旋轉的，而偏光顯微鏡的載物臺是可以旋轉的，相比於普通顯微鏡，它多了一組起偏和檢偏，它可以將普通光改變為偏振光，從而鑑別出這一物體是單折射還是雙折射，凡是雙折射的物體則必須要用偏光顯微鏡來觀察，一般晶體的基本特徵就雙折射，所以偏光顯微鏡在玻璃，半導體，礦物等領域的應用較為普遍。

3、偏光鏡檢測的方式是普通顯微鏡所不具備的，普通顯微鏡具備的技能偏光顯微鏡也有，然而偏光顯微鏡具備的普通顯微鏡卻不支持，所以偏光顯微鏡的使用範圍較為廣泛，操作性要求也比較高，當然，價格也是高於普通顯微鏡的價格。

偏光顯微鏡可以說是人類這個時期最偉大的發明物，它是作為人類進入原子時代的標誌，為人類在各項領域的研究及新物種的發現做出了巨大的貢獻。