根據古今圖書集成記載，奇門遁甲起源於四千六百多年前，軒轅黃帝大戰蚩尤之時；當時我們的祖先黃帝和蚩尤在涿鹿展開一前所未有的一場大戰，蚩尤身高七尺，鐵頭銅身刀槍不入，而且會呼風喚雨；在戰場上製造迷霧，使得黃帝的部隊迷失方向。　有一天晚上，三更半夜大家都在睡覺的時候，忽然，軒轅丘上傳來驚天動地的聲音以及非常強烈的光芒，驚醒了黃帝及眾人。　大家匆匆忙忙的起床，跑過去一看，原來是有一支彩虹自天空中緩緩下降，從中走出一位全身大放光明的仙女，仙女手上捧著一個長九寸闊八寸的玉匣，黃帝接過來打開一看，裡面有一本天篆文冊龍甲神章；黃帝根據書裡面的記載，製造了指南車，終於打敗了蚩尤。　龍甲神章除了記載兵器的打造方法之外，還記載了很多行軍打仗調兵遣將的兵法。于是黃帝要他的宰相風后把龍甲神章演繹成兵法十三章，孤虛法十二章，奇門遁甲一千零八十局。　後來經過周朝姜太公，黃石老人，再傳給張良，張良把它精簡之後變成現在我們看到的奇門遁甲