主要區別是，性質不同、標準不同、服務水平不同，具體如下：

一、性質不同

1、三甲醫院

三級甲等醫院，是依照中國現行《醫院分級管理辦法》等的規定劃分的醫療機構級別 ，是中國內地對醫院實行“三級六等”的劃分等級中的最高級別。

2、三級醫院

是向所在地區以及周邊輻射區域提供高水平醫療衛生服務和執行高等教育、科研任務的區域性以上醫院。

二、標準不同

1、三甲醫院

甲等是按評分標準獲得超過900分為甲等。（乙等：分等標準考核須達750分至899分。丙等：分等標準考核在749分以下。）

2、三級醫院

病床數在501張以上。

三、服務水平不同

1、三甲醫院

提供地區最高水平的醫療衛生服務。

2、三級醫院

向所在地區以及周邊輻射區域提供高水平醫療衛生服務。