大多數湖泊的水，都是由河水流入的。在流動的過程中，河水把所經過地區的土壤和巖石裡的一些鹽分溶解了；

還有沿途流入河流裡的地下水也使它的鹽分增加，當河水流入湖泊時，就把鹽分帶給了湖泊。如果湖水能從另外的出口繼續流出，鹽分就會也跟著流出去，像這種水流非常暢通的湖，鹽分很難集中。如北美五大湖，許多大河都流入湖中，然後通過湖水又都流入聖勞倫斯河，最後注入大西洋，所以它們都是淡水湖。

假如有些湖泊排水非常不便，而且氣候乾燥，蒸發消耗了很多水分，鹽分便會越積越多，湖水就會越來越成，成為鹹水湖。在荒漠和草原地帶，因為降水稀少，蒸發強烈，地勢平坦，排水不暢，鹹水湖往往分布較多。

如世界著名的大鹽湖——死海。但也有人認為，在地質時期，鹹水湖原是海的一部分，海水退了以後，有一部分海水就遺留在低窪地方，成為現在的湖，所以湖水保留了很多的鹽分。還有人認為，鹹水湖是因為結晶岩石經過風化，所含鹽分釋放出來，或者地下水把古代沉積的鹽溶解之後帶入湖中等原因造成的。