在上一集中，傑克奧特曼出現了史上最大的危機，面對強大的怪獸，傑克奧特曼到底能打贏嗎？很遺憾的是，由於傑克奧特曼能量消耗嚴重，最終失敗了。MAT的高層決定使用對付怪獸的秘密武器，但是代價是整個東京都會變成廢墟，整個城市都將陷入危機。MAT又會做出什麼樣的決定呢？

兩大怪獸出現在城市中，為了救人，鄉秀樹獨自一人跑去迎戰，但是也不敵怪獸聯手。最終傑克奧特曼在夕陽下漸漸消失，變回了人間體，奧特曼被打敗了。看到奧特曼輸了的局面，MAT開始焦躁起來，特別是高層。

傑克奧特曼雖然輸了，但是拖住了怪獸，讓救援人員救出了被困在地底的人們，其中也包括坂田的妹妹。但是秋子卻受了重傷，鄉秀樹執意要留下來照顧她，直到聽到了另一個讓人震驚的訊息。

原來岸田長官為了消滅怪獸，不惜想要犧牲整個東京作為代價，使用對付怪獸的秘密武器，一種輕量型氫彈。雖然能夠消滅怪獸，但是卻要讓整個東京變成廢墟，因此開始疏散人群，並且要將秋子所在醫院全部轉移到很遠的地方去。隊長：不行！

但是那樣的話，會讓很多類似秋子這樣嚴重的病人，無法轉移，只能等死。MAT堵上了最後的希望，想透過麻醉彈攻擊怪獸的眼睛，岸田長官一開始不同意，後來說了句如果失敗，就讓MAT就地解散才同意。

為了MAT的明天，為了人類的希望，隊員們拼死戰鬥。鄉秀樹為了引開怪獸，獨自一人跑下車去。一路奔跑的他，看到了天空中閃著光，就這樣變成了傑克奧特曼，再次迎戰怪獸。

傑克奧特曼在和怪獸戰鬥的時候，MAT隊員們也並沒有閒著，他們從側面在幫助奧特曼。而古墩和雙尾怪也在戰鬥，這為奧特曼打敗他們提供了機會。

在這場混戰中，古墩消滅了雙尾怪，戰場留給了古墩和奧特曼，一個過肩摔奧特曼將怪獸狠狠摔在地上，使出了光線技能，消滅了怪獸。這場危機，總算是這麼度過去了。